Отправляя Никона на Новгородскую митрополию, царь поручил ему наблюдать не только за духовным, но и за мирским управлением, доносить ему обо всём и давать советы. Результат не замедлил себя ждать: 1 марта 1650 года в Пскове и Новгороде начались народные волнения, переросшие к 15 марта в открытое восстание. Поводом для волнений явился резкий подъём цен на хлеб, вызванный тем, что купец Фёдор Емельянов по поручению правительства произвёл закупки хлеба по высоким ценам для передачи Швеции — в качестве компенсации за уход населения с отошедших к шведам русских земель. 17 марта, в день царских именин, Никон предал проклятию главу восставших новгородцев Ивана Жеглова и всех восставших и укрыл у себя воеводу князя Ф.А. Хилкова, за что был восставшими нещадно избит.
События в Великом Новгороде ещё более расположили царя к Никону. Получив взаимные жалобы митрополита и новгородцев, Алексей Михайлович принял сторону Никона, которого называл в своих письмах не иначе как
В 1647 году к кружку ревнителей благочестия наконец примкнул и сам царь Алексей Михайлович, что придало кружку невиданную до того силу. Под влиянием боголюбцев царь издал ряд указов, направленных на исправление нравов. В марте 1647 года вышел указ, запрещавший православным работать в воскресные и праздничные дни, которые предназначались для молитвы и пребывания в церкви. В декабре следующего, 1648 года по городам была разослана грамота, в которой говорилось о том, что православные христиане к
Вместе с тем, заручившись царской поддержкой, боголюбцы во главе со Стефаном Внифантьевым повели решительную борьбу за исправление церковных чинов и обрядов. На этой почве они столкнулись с патриархом Иосифом. Подобное столкновение было неизбежным, поскольку