Из содержания этого «доношения» мы можем понять, что между архимандритом Ефремом и главным священником Мемеля протопопом Михаилом Ивановым возник конфликт, для разрешения которого требовалось вмешательство Синода. Отметим для себя, что в Мемеле помимо протопопа Михаила оказались некие гарнизонные священники Герасим Васильев, Григорий Авксентьев и Василий Трифонов. Вероятно, это были те священники из расформированного Обсервационного корпуса, которых Синод ранее направил в артиллерийскую команду Мемеля после нескольких обращений графа Шувалова. Прибыв в Мемель 15 июня 1760 года, протопоп Михаил обнаружил, что в гарнизоне уже есть три священника, ему никак не подчиняющиеся, а потому сужающие поле его деятельности. В то же время архимандрит Ефрем забрал себе в Кёнигсберг подчиненных протопопу священника, дьякона и церковника. Расчет протопопа на появление паствы среди русских гражданских лиц, а также на крещение местных немцев не оправдался, так как церковь была устроена в крепости, то есть на территории режимного объекта, куда доступ посторонним был ограничен. Запрет архимандрита Ефрема на венчания также лишал протопопа потенциального источника доходов и возможностей увеличения числа прихожан. Всё это и послужило основой для написания рапорта в Синод, который теперь вынужден был разбирать это дело. Отметим, что протопоп Михаил свои обвинения концентрировал более в плоскости профессиональной деятельности.
Более опасными оказались обвинения морально-нравственного плана. Некие ревнители благочестия обвинили архимандрита Ефрема в возможном его блудном сожительстве с проживавшей у него в качестве прислуги некой вдовой Прасковьей Михайловой. Отправившиеся в Пруссию священнослужители взяли с собой жен и детей, а также прислугу. Взял с собой прислугу и архимандрит Ефрем. Пребывал он с ней в блудном сожительстве или нет, для обвинителей было неважно. В любом случае он нарушил третье правило Первого Вселенского собора, запрещающее монашествующим проживать в одном доме с женщинами. Такое каноническое нарушение считалось серьёзным, поэтому Синод вынужден был заняться расследованием и этого обвинения.
Синод, как мы знаем, постоянно находился в Санкт-Петербурге. Каким образом можно расследовать дело, не имея возможности покинуть Санкт-Петербург? Можно, конечно, вызвать и обвиняемого и обвинителей в Санкт-Петербург. Но кто тогда будет служить в только созданных Кёнигсбергской и Мемельской церквях? Можно послать в Пруссию доверенного человека, наделенного соответствующими полномочиями.
Этого человека надо подобрать. И вот здесь Синоду повезло с кандидатурой на расследование такого деликатного дела.
В Сухопутном шляхетском кадетском корпусе Санкт-Петербурга служил законоучителем иеромонах Тихон (в миру Тарас Яковлевич Якубовский). Родился он в 1726 году в небольшом городе Короп под Черниговом в семье мещан Якова и Агафьи Якубовских. Отец его был сапожником. Тарас в юности отличался хорошим голосом, пел в хоре архиепископа Черниговского. Закончил семинарию в Чернигове, академию в Киеве и был назначен законоучителем в привилегированное учебное заведение для детей дворян. В Сухопутном шляхетском кадетском корпусе иеромонах Тихон усвоил внешний лоск и изящество манер, благодаря которым современники позже отзывались о нём как об
«особе во всём препорядочной и важной без спеси и такой, которая имела явное преимущество пред обыкновенным школьным учителем или проповедником, знавшим одну свою науку».
10 августа 1760 года умер настоятель Спасского монастыря в городе Ярославле архимандрит Владимир (Каллиграф). Святейший Синод решил, что иеромонах Тихон является лучшим кандидатом в настоятели этого монастыря. 1 ноября член Синода епископ Псковский Вениамин произвел иеромонаха Тихона в архимандриты. Братия Спасо-Ярославского монастыря уже готовилась встречать своего нового настоятеля, но… Синод внезапно решил отправить архимандрита Тихона в Кёнигсберг для проведения следствия по обвинениям в адрес архимандрита Ефрема. В помощь ему был дан коллегии юнкер Орлов.
Позже архимандрит Тихон писал: