В ноябре 1560 Грозный приказал войскам снова перейти в наступление. Армия под командованием князей Шуйского, Серебряного и Мстиславского взяла крепость Мариенбург (Алуксне). 30 августа русская армия под командованием Курбского взяла резиденцию магистра – замок Феллин. Очевидец писал:
Во время осады Тарваста в 1561 Радзивилл убедил воевод Кропоткина, Путятина и Трусова сдать город. Когда они вернулись из плена, то около года просидели в тюрьме, и Грозный простил их.
В 1562 году из-за отсутствия пехоты князь Курбский был разгромлен литовскими войсками под Невелем. 7 августа был подписан мирный договор между Россией и Данией, по которому царь согласился с аннексией датчанами острова Эзель.
На предложение германского императора Фердинанда заключить союз и объединить усилия в борьбе с турками царь заявил, что он воюет в Ливонии практически за его же интересы, против лютеран. Царь знал, какое место занимала в политике Габсбургов идея католической контрреформации. Выступая против «Лютерова учения», Грозный задевал весьма чувствительную струну габсбургской политики.
Как только литовские дипломаты покинули Русь, военные действия возобновились. 28 января 1564 года полоцкая армия П.И.Шуйского, двигаясь в сторону Минска и Новогрудка, неожиданно попала в засаду и была наголову разбита войсками Н.Радзивилла. Грозный немедленно обвинил в предательстве воевод М.Репина и Ю.Кашина (героев взятия Полоцка) и велел убить их. Курбский в связи с этим укорял царя, что он пролил победоносную, святую кровь воевод «во церквах божиих». Несколькими месяцами спустя в ответ на обвинения Курбского Грозный прямо писал о совершённом боярами преступлении с неоспоримыми подтверждениями их предательства.
В 1565 году Август Саксонский констатировал:
По мнению Р.Г.Скрынникова, знать легко бы простила Грозному отставку его советника Адашева и тСильвестра, но она не желала мириться с покушением на прерогативы боярской Думы. Идеолог боярства Курбский самым решительным образом протестовал против ущемления привилегий знати и передачи функций управления в руки приказных (дьяков):