Этот монастырь по-особому любил и выделял царь Иван Грозный, который знал, что в нем хранится жезл апостола Иоанна Богослова. Когда Иван Грозный отправился завоевывать Казанское ханство, он заехал в этот монастырь и взял жезл апостола Иоанна Богослова, надеясь на помощь святых в своем военном походе. Столицу ханства Казань он завоевал в 1552 г., а в 1553–1554 гг. построил в этом монастыре собор Богоявления в благодарность святым за помощь в покорении Казанского ханства. Предполагают, что собор построил зодчий Андрей Малой. Затем для монастыря начались тяжелые времена. После Смутного времени (начало ХVII в.) он был почти разорен. Оживление монастырской жизни началось в середине ХVII в., когда архимандритом обители стал Иона (будущий митрополит Иона Сысоевич), который построил здесь каменную Введенскую (1650) и надвратную Никольскую церкви (конец ХVII в.), а под церковью Введения похоронил своего отца Сысоя. Ансамбль Авраамиева монастыря в основном был создан в ХVI – ХIХ вв. В советский период монастырь закрыли и устроили в нем вытрезвитель. В наши дни наметилось духовное и архитектурно-художественное возрождение Богоявленского Авраамиева мужского монастыря. На его территории сохранился старейший храм Ростова – Богоявленский собор, а также Введенская церковь и надвратная церковь во имя святителя Николая.
Особенно тесную историческую и духовную связь имеет Богоявленский Авраамиев монастырь с расположенной в 2 км от Ростова Великого, у поселка Богослов церковью Иоанна Богослова на Ишне
. Эта церковь построена у старинной переправы (которую здесь держал в давние времена Авраамиев монастырь) через р. Ишню, на том самом месте, где отшельнику Авраамию явился апостол Иоанн Богослов. Деревянную церковь возвели в 1687–1689 гг., она – самая древняя деревянная церковь в Ярославской области, ее колокольню построили в ХIХ в. Эта церковь была построена как памятник, службы в ней проводились очень редко, иногда один раз в год. От древнего интерьера этой церкви мало что сохранилось, а ее Царские врата перевезли в ростовский музей. Эту небольшую, обшитую тесом и окрашенную в темно-красный цвет церковь замечают все, ведь она расположена недалеко от трассы Московского шоссе. Не каждый догадается, что она только со временем была обшита тесом, утрачена ее южная галерея, пристроена колокольня. Хотя церковь за более чем три века (320 лет в 2007 г.) претерпела изменения в своем облике, она радует взор, производит неизгладимое впечатление своей незамысловатой, но безусловной красотой, мастерским выбором места для ее строительства, ее великолепным единством с природным ландшафтом и даже акцентированием его неброской, но несомненной прелести.