В храме сохранились росписи 1866 г., это – масляная живопись по новой штукатурке (сменившие более древнюю стенопись); росписи ХХ в. неоднократно поновлялись в течение ХХ – начала ХХI вв. В храме сохранился иконостас 1860-х гг. из розового дерева с художественными мотивами ХVII в. В Духовской церкви первоначально были погребены Максим Грек и митрополит Иннокентий. В Духовской церкви также покоятся мощи Антония Радонежского
(Медведев А.Г., 1792–1877 гг.), который 46 лет был наместником Троице-Сергиевой Лавры. Он много заботился о развитии Лавры, вел большое строительство, открыл иконописную школу и мастерскую, был деятельным благотворителем, проявлял особую заботу о заключенных в Сергиево-Посадской пересыльной тюрьме, был духовным отцом святителя Филарета Московского. Антоний Радонежский был прославлен как местночтимый святой в 1998 г.Трапезная с храмом во имя Преподобного Сергия Радонежского
(1686–1692) была построена по повелению царей Петра и Ивана Алексеевичей Романовых. Эта постройка выделяется среди строений Лавры исключительным богатством своего декоративного убранства, белокаменной резьбой и является одним из наиболее характерных сооружений московского барокко. Поражает резьба увитых виноградной лозой белокаменных колонн наличников и венчающих стены раковин, а также дробная многоцветная роспись стен «в шахмат». В интерьере под более поздней масляной живописью сохранились фрагменты стенописи 1778 г.Это кирпичное здание с резными белокаменными деталями на подклете окружено открытой галереей на столбах. В инженерно-строительном плане эта постройка представляет также интерес. Трапезная палата (34 × 15 м) является в русской архитектуре одним из ранних примеров перекрытия больших помещений без промежуточных опор.
Здесь, в парадном зале, устраивали праздничные обеды и торжественные приемы; а в юго-западной части этого здания была малая трапезная для повседневного пользования.
В храме установлен пышный – в формах московского барокко – золоченый иконостас конца ХVII в., его перенесли сюда из разобранной московской церкви Николы «Большой Крест». Этот иконостас сделали белорусские резчики в 1688 г., в 1948 г. он был установлен здесь. В палатке над церковью размещается церковная библиотека.
Храм в честь Рождества Иоанна Предтечи над Святыми воротами
(надвратный храм, 1692–1699) был создан за 2 строительных этапа. В 1513 г. построили главный вход в монастырь, ворота с храмом Сергия Радонежского, а затем с расширением границ монастыря они оказались внутри крепостных стен: Въездная Красная башня и ворота с храмом оказались разделенными небольшим двориком. Существующая церковь в честь Рождества Иоанн Предтечи была сооружена на месте разобранной прежней надвратной церкви на средства богатого промышленника Г.Д. Строганова в 1693–1699 гг., тогда же частично перестроили и ворота. Храм Рождества Иоанна Предтечи над Святыми воротами – это кирпичная с белокаменным декором постройка, первоначально пятиглавая, окруженная с трех сторон галереями (в ХVIII в. гульбище вокруг этой церкви преобразовали в крытую паперть, в 1809 г. разобрали 4 из 5 глав). Это 2-ярусное здание является ярким образцом строгановского направления стиля московского барокко. В храме установлен нарядный иконостас в стиле позднего классицизма. Сохранившаяся масляная живопись стен датируется 1872 г. В палатке на паперти стоит красивая печь начала ХVIII в. из рельефных полихромных изразцов.Надвратная часовня
(конец ХVIII в.) была выстроена над источником, обнаруженным в 1644 г. На квадратное основание опираются 3 убывающих по объему восьмерика, из них верхний служит барабаном главы. Эта постройка является характерным образцом архитектуры московского барокко конца ХVIII в. Постройка сложена из кирпича, имеет детали из поливной керамики и белокаменные. Стенная роспись интерьера и иконы относятся к ХIХ в.Храм во имя преподобного Михея Радонежского
(Михеевская церковь, 1734) был построен над гробом Михея – ученика Сергия Радонежского. Это небольшая одноглавая храм-часовня является единственной постройкой в Лавре, сохранившей «голландскую» форму кровли, устроенной после пожара монастыря в 1746 г. Этот очень небольшой храм типа часовни имеет отпечаток архитектуры барокко. Стены внутри храма украшает орнаментальная масляная живопись ХIХ в.