После революционных беспорядков 1905–1917 гг. доброжелатели советовали Елизавете Федоровне покинуть Россию. После заключения Брест-Литовского мира германское правительство добилось согласия советской власти на выезд Елизаветы Федоровны за границу. В 1918 г. был послан английский военный корабль к берегам Крыма, чтобы спасти сестер императора Николая II – великих княгинь Ксению и Ольгу, их мать вдовствующую императрицу Марию Федоровну, а также великую княгиню Елизавету Федоровну, но она отказалась покидать Россию, решила разделить судьбу России. В 1918 г. Елизавету Федоровну арестовали и вывезли из Москвы. Тогда же Елизавету Федоровну вместе с другими членами императорского дома и крестовой сестрой Варварой Яковлевой бросили в шахту старого рудника под Алапаевском, чекисты бросили в шахту балки и гранаты. Великая княгиня упала на выступ шахты, который находился на глубине 15 метров. Вся переломанная, с ушибами, она стремилась помогать другим мученикам. Останки настоятельницы Марфо-Мариинской обители и ее келейницы в 1921 г. были перевезены в Русскую духовную миссию в Пекине, а затем они были доставлены в Иерусалим, положены в усыпальнице храма Святой Марии Магдалины в Гефсимании (где она сама выразила желание, еще в 1888 г., быть похороненной).
С собором Феодоровской иконы Божией Матери связана земная жизнь митрополитов Вениамина (Казанский, был членом Комитета по постройке этого собора, в нем служил молебны, освещал приделы) и Владимира (Богоявленский, освящал собор в 1914 г.). Они оба погибли в годы гонений на Церковь после 1917 г., со временем были канонизированы; мы знаем их как новомучеников российских.