После 1917 г. католические костелы стали повсеместно закрывать, особенно этот процесс усилился с 1930-х годов. Уже в 1923 г. началось существенное усиление антирелигиозной кампании; повсеместно проводились показательные суды над Богом. В марте 1923 г. закончился процесс над группой католиков во главе с архиепископом Яном Цепляком. Архиепископа и прелата Буткевича приговорили к расстрелу; в конце марта 1923 г. архиепископа помиловали, а прелата расстреляли. Католических священников назвали агентами мирового капитализма и Ватикана, их стали высылать из России, в первую очередь из Москвы и Ленинграда. В 1934 г. прокатилась крупная волна антикатолических репрессий. В январе 1934 г. в Ленинграде арестовали большую группу католиков. Состоявшийся 12 марта 1934 г. процесс над ними назывался «Дело о покушении католиков на жизнь товарища И.В. Сталина». Повсеместно ухудшалось отношение советских властей к католикам. В 1935 г. комиссар иностранных дел СССР М.М. Литвинов (Меер-Генох Моисеевич Валлах, 1876–1951 гг.) заявил французскому послу, что Наркомат иностранных дел особенно недоволен служившим в Москве французским священником П.Э. Неве и что он якобы является агентом Ватикана, имеет своих помощников-шпионов в Ленинграде. В 1936 г. П.Э. Неве пришлось покинуть СССР.
Новый этап жизни католической церкви в СССР начался, когда в 1939–1940 гг. к СССР были присоединены западные территории, населенные многочисленными католиками. Тогда в стране было только 2 католических священника: в Москве капеллан посольства США и в Ленинграде – отец Флоран, единственный священник католического прихода в Ленинграде (его выслали из СССР в 1941 г.).
В период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. отношение к католикам было настороженным или даже отрицательным, после войны отношение к ним постепенно стало улучшаться.
Костел Святой Екатерины на Невском проспекте. Современный вид