После прихода Путина к власти серия публикаций продолжилась. В 2003 г. после непродолжительной болезни умер заместитель редактора "Новой газеты" Юрий Щекочихин, который также являлся депутатом Госдумы от либеральной партии, что официально объяснялось редкой аллергией, но почти наверняка было результатом радиоактивного отравления. В следующем году почти при таких же обстоятельствах умер Роман Цепов, руководитель петербургского охранного предприятия "Балтик Эскорт". В 1990-е годы Цепов организовывал телохранителей для Собчака и Путина, а также выступал в качестве негласного посредника между мэрией и организованной преступностью. Виктор Золотов, ставший впоследствии главным телохранителем Путина в Кремле, был заместителем Цепова. На его похоронах на Серафимовском кладбище Санкт-Петербурга, где Золотов произнес надгробную речь, присутствовали представители элиты с обеих сторон криминального мира - криминальные авторитеты вроде Владимира Кумарина, главы тамбовской банды, и генералы ФСБ и МВД, в задачу которых входила борьба с ними.
Медицинская карта Щекочихина была опечатана. Смерть Цепова была объяснена передозировкой препарата, применяемого против лейкемии, которой он не страдал. Радиоактивное отравление - подпись ФСБ. Ни в том, ни в другом случае не было предпринято никаких серьезных усилий для выяснения виновных.
Не были предъявлены обвинения и организаторам убийства журналистки "Новой газеты" Анны Политковской, застреленной осенью 2006 года в подъезде своего жилого дома. В итоге за это преступление были осуждены пятеро чеченцев. Но это были пехотинцы. Те, кто заказал ее смерть, так и не были привлечены к ответственности. В момент гибели Политковская работала над статьей о кадыровцах - садистских военизированных формированиях, верных 29-летнему главе Чечни Рамзану Кадырову, недавно назначенному премьер-министром республики. Путин молчал три дня. Когда же он все-таки заговорил, но не в Москве, а во время визита в Германию, то осудил ее убийство как "чудовищно жестокое преступление [против] женщины и матери", но создал впечатление, что правительство будет расследовать это дело только потому, что так надо. Виновные, "какими бы мотивами они ни руководствовались", "естественно" будут наказаны, сказал Путин. Однако люди должны понимать, что влияние погибшей женщины в России было "крайне незначительным, минимальным", и «ее убийство принесло гораздо больше вреда и ущерба... чем ее статьи».
Это глухой тон - бесчувственный, неуместный и не способствующий улучшению имиджа России за рубежом - даже если это правда. Анна Политковская была смелой и решительной, ярой противницей путинского режима и неутомимой защитницей прав человека в Чечне и других странах, но, если бы она не была зверски убита, что сделало ее известной, ее влияние было бы гораздо меньше.
В день ее убийства, 7 октября, Путину исполнилось 54 года. Некоторые задавались вопросом, не была ли эта дата выбрана специально, чтобы направить подозрение на Кремль - "создать волну антироссийских настроений в мире", как выразился сам Путин. На самом деле существовало более простое объяснение. Рамзан Кадыров преподнес смерть Политковской Путину в качестве подарка на день рождения. В Чечне подобные жесты понимают сразу. Доказательств того, что убийство было организовано окружением Кадырова, естественно, не было. В России таких случаев не бывает. Но, как сказал позже один из его помощников, «если бы она шла более осторожно, она была бы жива».
После этого Путин постарался оправдать молодого чеченского лидера. По его словам, "невозможно", чтобы он был причастен к ее убийству. Публикации Политковской вполне могли вызвать "определенное недовольство, но я не могу себе представить, чтобы кто-то из власть имущих пошел на организацию такого ужасного преступления".
Удержание контроля над Чечней было гораздо важнее, чем убийство журналистского слепня в Москве.
Не то чтобы Кремль отдавал приказы об убийствах политических оппонентов - по крайней мере, не в первые два срока правления Путина. Ликвидация тех, кого считали предателями, и кто бежал за границу, как Литвиненко и Яндарбиев, - это другое дело. Но дома ответственность Путина была пассивной. Не наказав заказчиков убийства таких людей, как Анна Политковская и Юрий Щекочихин, он позволил сформироваться атмосфере, в которой влиятельные и хорошо связанные люди знали, что им, в буквальном смысле, может сойти с рук убийство, если они того пожелают. С моральной точки зрения он был виновен в этом не меньше, чем если бы сам санкционировал убийства. Вопреки широко распространенному на Западе мнению, это не так. Но результат был тот же.
Та же циничная, прагматичная аргументация защищала высокопоставленных чиновников, замешанных в крупных коррупционных делах.