В ноябре 2005 г. финансист Билл Браудер был объявлен "угрозой национальной безопасности России" и депортирован в Великобританию. Его преступление заключалось в разоблачении коррупции в Газпроме и других государственных предприятиях. Спустя 18 месяцев фонд Браудера Hermitage стал объектом сложной аферы с участием высокопоставленных чиновников МВД и налоговой инспекции, коррумпированных судей и организованной преступной группы, в результате которой было получено 230 млн. долларов США в виде фиктивных налоговых вычетов. Деньги так и не были возвращены, и никто из участников не понес наказания.
Не менее показателен и другой крупный коррупционный скандал второго срока Путина - так называемое дело "Трех китов". Он начался в 2000 году, когда Таможенное управление обвинило одноименную московскую компанию в уклонении от уплаты пошлин на сумму 5 млн. долларов США путем занижения стоимости ввозимой ею итальянской мебели. МВД начало расследование. Но уже через два месяца выяснилось, что одним из спонсоров компании был Евгений Заостровцев, генерал-майор в отставке, который в начале своей карьеры был наставником начальника ФСБ Николая Патрушева. Сын Заостровцева, Юрий, стал первым заместителем Патрушева. Дело было немедленно закрыто, и в течение последующих пяти лет Генеральный прокурор Владимир Устинов и ФСБ прилагали все усилия, чтобы оно не было возобновлено. Первоначальные следователи были уволены и обвинены в злоупотреблении служебным положением. Судье, вынесшему оправдательный приговор, угрожали расправой. Другой судья, рассматривавший то же дело, был отстранен от должности Верховным судом. Был убит ключевой свидетель и еще двое получили огнестрельные ранения. Смерть Юрия Щекочихина, депутата Госдумы, отравленного в 2003 году, также оказалась связана с этим делом. После того как он начал парламентское расследование этого дела, друзья в ФСБ предупредили его, что его жизнь находится в опасности.
В июне 2006 года Устинов был уволен. Его преемник Юрий Чайка возобновил расследование и приказал арестовать главу компании "Три кита" Сергея Зуева и четырех его помощников. Стали ходить слухи, что речь идет не только о неоплаченных пошлинах на мебель, но и об отмывании денег и крупной контрабанде из Китая, которая приносила доход в десятки и сотни раз больший.
Сначала предполагалось, что Путин решил, что дело "Трех китов" стало позорным и не может быть продолжено. На самом деле все оказалось сложнее. Проблема заключалась не столько в коррупции, сколько в расколе, который она вызвала среди ближайших союзников президента в силовых структурах. То, что начиналось как борьба между таможней и МВД, с одной стороны, и прокуратурой и ФСБ - с другой, втянуло в себя и другие фигуры. Расследование Чайки поддержали глава Наркоконтроля Виктор Черкесов, главный телохранитель Путина Виктор Золотов, влиятельный глава ФСО - Федеральной службы охраны численностью 50 тыс. человек - генерал Евгений Муров. Против них выступали Устинов, опала которого оказалась недолгой: через пять недель после увольнения он был назначен министром юстиции; Игорь Сечин, дочь которого Инга была замужем за сыном Устинова, и Николай Патрушев.
Чтобы распутать эти противоречия, Путин настоял на привлечении стороннего прокурора, якобы для того, чтобы, по его словам, "следователи не были связаны с московскими правоохранительными органами", но на самом деле потому, что ему нужно было политическое, а не юридическое решение. Для этого он выбрал бывшего однокурсника по Ленинградскому юридическому факультету Владимира Лоскутова.
Через три месяца было объявлено, что за участие в этом деле уволены 19 высокопоставленных сотрудников ФСБ, в том числе два генерал-полковника и один генерал-лейтенант. Однако, как это часто бывает в России, все оказалось не так, как представлялось. Многие из тех, кого якобы уволили, так и не ушли. В одних случаях Патрушеву удалось их отстоять, в других - их увольнение было фикцией. После этого шеф ФСБ отомстил. Золотова и Мурова, находившихся под личной охраной Путина, он тронуть не смог, а вот Черкесов - другое дело. Сначала Патрушев приказал задержать заместителя Черкесова по Наркомату под предлогом осуществления незаконной прослушки. Затем он начал расследование в отношении нескольких помощников Черкесова. Наконец, в 2008 году сам Черкесов был переведен на менее значимую должность, а через два года и вовсе покинул администрацию.
Это была цена, которую Путин готов был заплатить за восстановление гармонии среди ключевой части элиты. Высокопоставленные чиновники, скрывавшие скандал, наживавшиеся на нем и прибегавшие к запугиванию и убийствам, чтобы сохранить его в тайне, не понесли даже символического наказания. Сергей Зуев после отбытия срока заключения смог вернуться и продолжить руководить компанией "Три кита" в прежнем режиме.