А Северный Кавказ не позволял забыть о себе. В 2003 году в Москве появились женщины-боевики. 5 июля две смертницы подорвали себя на аэродроме в Тушино, где проходил рок-фестиваль «Крылья». Погибли шестнадцать человек. Ответственность взял на себя Шамиль Басаев. 9 июля на 1-й Тверской-Ямской улице задержали женщину-смертницу, которая не сумела себя взорвать. Но при обезвреживании бомбы погиб сотрудник ФСБ. 9 декабря 2003 года смертница взорвала себя у гостиницы «Националь», шесть человек погибли. Опять Басаев с гордостью объявил, что теракт — его рук дело.
6 февраля 2004 года взорвали поезд в московском метро между станциями «Автозаводская» и «Павелецкая». Погиб сорок один человек. Ответственность взяли на себя боевики «карачаевского джамаата». Еще одна смертница подорвала себя около станции метро «Рижская», погибли восемь человек.
В ночь на 22 июня 2004 года в столице Ингушетии боевики попытались захватить республиканское Министерство внутренних дел. Погибли сорок сотрудников правоохранительных органов, в том числе исполняющий обязанности министра и его заместитель. Боевики захватили большое количество оружия.
1 сентября 2004 года боевики, посланные Шамилем Басаевым, захватили школу в североосетинском городе Беслан. Заложниками оказались более тысячи детей и преподавателей. За неделю до этого в Северной Осетии заседала республиканская антитеррористическая комиссия, приехали полномочный представитель президента в Южном федеральном округе, командующий внутренними войсками, заместитель министра внутренних дел, заместитель генерального прокурора… Приняли решение: сотрудникам силовых ведомств на сопредельных с Чечней территориях до конца августа нести службу в усиленном режиме. Но снова никто не сумел помешать боевикам.
В отличие от группы Мовсара Бараева, боевики, захватившие школу, начали с расстрелов и убили два десятка человек. Обезумевшие от горя родители вооружились чем могли и требовали немедленно освободить детей. События вырвались из-под контроля. В результате стихийного штурма погибли триста тридцать человек, из них более ста — дети.
У матерей, которые потеряли детей, было много вопросов. Они требовали наказать виновных. Говорили, что решение штурмовать школу было неверным, что нельзя было отдавать приказ танкам стрелять — начался пожар и погибли дети…
Не выдержал первый президент Республики Северная Осетия Ахсарбек Хаджимурзаевич Галазов. Выступая по радио, он говорил:
— До сих пор нет ответов на такие вопросы: в тот момент, когда тысячи людей находились в заложниках, где был президент Российской Федерации, где был председатель правительства, где был министр внутренних дел, где был руководитель Федеральной службы безопасности России?.. Штаб не смог фактически выйти на переговоры с террористами, штаб дал повод террористам сказать жертвам: детям, женщинам, что «вы никому не нужны»… Я считаю, что надо было идти на переговоры. Я вспоминаю страшные дни, когда рядом, в Ставропольском крае, в Буденновске, в больнице находились матери с детьми. Сейчас многие осуждают Черномырдина, но я считаю, что Виктор Степанович поступил совершенно правильно. Он был вынужден пойти на переговоры с Шамилем Басаевым… Я и сегодня ему благодарен за то, что лично он организовал все необходимое для того, чтобы спасти людей… Думаю, что и нынешнему председателю правительства Российской Федерации Фрадкову надо было это сделать, и никто бы с него не снял погоны…
Во Владикавказе судили единственного оставшегося в живых боевика. В Москве заседал Совет безопасности. Совет Федерации и Государственная дума назначили совместную комиссию, чтобы расследовать происшедшее в Беслане. Возглавил ее заместитель председателя Совета Федерации Александр Порфирьевич Торшин, успевший поработать еще в аппарате ЦК КПСС.
22 декабря 2006 года, под Новый год, Торшин представил окончательный доклад парламентской комиссии. В нем говорилось, что силовые подразделения школу не штурмовали, а только лишь бросились спасать детей. Из тяжелого оружия по школе стреляли только после того, как там остались одни террористы.
— Оценивая действия руководителей федеральных органов государственной власти, — сказал Александр Торшин, — парламентская комиссия пришла к выводу, что они были адекватны сложившейся ситуации. Оперативный штаб действовал с соблюдением требований федерального законодательства и ведомственных нормативных актов. При трагическом развитии ситуации были приняты все возможные меры, направленные на сохранение жизни людей.