В 1998 году начался его кадровый взлет. Путин, который стал первым заместителем главы президентской администрации, рекомендовал Патрушева на свою прежнюю должность начальника Главного контрольного управления президента. Но Николай Платонович не успел поработать в президентской администрации. Путин буквально через два месяца стал директором ФСБ и забрал к себе Патрушева, назначил его заместителем директора и начальником важнейшего департамента экономической безопасности — это контроль за тем, что происходит в российском бизнесе.
В начале 1999 года Николай Платонович уже стал первым заместителем директора ФСБ и фактически руководил всей службой, потому что Путин больше времени проводил в Кремле, получив пост секретаря Совета безопасности. Когда Ельцин поручил Путину возглавить правительство, тот договорился с Борисом Николаевичем, что оставит вместо себя на Лубянке Патрушева.
Еще несколько близких знакомых Путина заняли видные посты в структурах госбезопасности. Заместителем директора ФСБ стал генерал Александр Андреевич Григорьев, друг президента, их общая фотография помещена в книге Владимира Путина «От первого лица». Потом Григорьев вернулся в родной Ленинград начальником управления. Но вскоре неожиданно покинул эту должность — говорят, не поладил с еще более близким в ту пору к Путину человеком — Виктором Черкесовым. В том конфликте президент встал на сторону Черкесова. Александр Григорьев, в январе 2001 года уволенный из ФСБ, без должности не остался. В июле 2001 года его назначили генеральным директором Российского агентства по государственным резервам (ныне Федеральное агентство по госрезервам).
А тогда Григорьева в северной столице сменил другой представитель сплоченной питерской команды — генерал-лейтенант Сергей Смирнов. До этого он возглавлял управление собственной безопасности Федеральной службы безопасности. Это управление занимается только серьезными делами. Сравнительно мелкие проступки разбирают управление кадров и инспекция по личному составу в инспекторском управлении ФСБ, которое по указанию директора проводит служебное разбирательство. Чекисты тоже теряют оружие, попадают в дорожно-транспортные происшествия или даже ввязываются в драки… Генерал Смирнов говорил журналистам, что наибольшую опасность представляют попытки коммерческих структур подкупить офицеров госбезопасности. Он полагал, что этим пользуются иностранные разведки, которые внедряют в коммерческие структуры своих людей, а уж те умело выжимают информацию из сотрудников Федеральной службы безопасности.
Статс-секретарем и заместителем директора ФСБ был назначен Владимир Леопольдович Шульц. Он в 1972 году окончил Ленинградский университет, доктор философских наук, профессор. В госбезопасности служил с 1992 года в должности заместителя начальника питерского управления, потом возглавил академию ФСБ.
Начальником Федеральной службы охраны стал еще один выходец из Питера — Евгений Алексеевич Муров. Он служил в разведке, а в 1992 году сменил стезю и перешел в контрразведку. Работал в Санкт-Петербурге, возглавлял райотделы, вырос до заместителя начальника областного управления. После его назначения на пост главного охранника журналисты заговорили о том, что Путин повсюду расставляет лично известных ему людей.
— Да, у Владимира Владимировича очень много знакомых и приятелей, — ответил Евгений Муров. — И тем не менее в свою команду он берет только тех людей, которых знает как профессионалов…
23 октября 2002 года чеченские боевики нанесли удар в самой Москве. Поверить в это невозможно, но сорок вооруженных террористов с запасом взрывчатки на автобусе преспокойно проехали по столице России. Как потом установят, многие из них имели фальшивые паспорта, выданные в Карачаево-Черкесии на имена давно умерших людей. Как им это удалось, так и останется невыясненным.
Никто не помешал банде Мовсара Бараева захватить Театральный центр на Дубровке, когда там шел музыкальный спектакль «Норд-Ост». Зрители поначалу подумали, что это часть постановки… Заложниками оказались 912 человек.
Сразу после захвата Театрального центра спецназ ФСБ, отряды «Альфа» и «Вымпел» блокировали здание. Милицейский СОБР установил внешнее кольцо. Подтянули еще и солдат внутренних войск на бронетранспортерах. Тем временем боевики Мовсара Бараева заминировали зрительный зал и передали свое требование — в три дня вывести федеральные войска из Чечни.
Ответственность за теракт взял на себя Шамиль Басаев. Похоже, он хотел повторить успех Буденовска: заставить власть вступить с ним в переговоры и чего-то добиться. Мовсар Бараев требовал, чтобы к нему пришли известная журналистка Анна Политковская (через несколько лет она будет убита), тогдашние депутаты Государственной думы Григорий Явлинский, Ирина Хакамада, Борис Немцов. Угрожал, что в противном случае взорвет здание вместе с заложниками. И действительно, по всему залу сидели женщины со взрывчаткой.