Представляется, что цари XIII династии были родом из Фив; для легитимизации власти некоторые из них использовали в титулатуре имена Аменемхет, Антеф, Сенусерт, Ментухотеп, наиболее популярным было имя Себекхотеп.
При Себекхотепе I Египет сохранял власть над Нубией до Семны, где обнаружена наскальная надпись с его именем, высеченная рядом с надписью Аменемхета III. Его преемник, Сехемкара-Аменемхет-Сенебеф, правил всей страной – памятники этого царя найдены и в Нижнем, и в Верхнем Египте. Возможно, что власть Египта на юге начала ослабевать: надписи с именем царя не встречаются в Семне, но они сохранились в Аскуте, в 30 км к северу на установленной Сенусертом II границе. Египетское влияние все еще распространялось за пределами страны при Сехетепибра II (втором преемнике Аменемхета-Сенебефа), превосходство этого царя признал правитель Библа. Дальнейшие цари (Хетепибра, Себекхотеп II, Ренсенеб, Ауибра-Хор, Каи-Аменемхет, Угаф, Сенеферибра-Сенусерт IV) известны лишь по именам, оставленным на памятниках. Преемник Сенусерта IV, Усеркара-Хенджер, построил пирамиду в Саккаре, и это показывает, что еще один царь продолжал править Обеими землями. Хенджера сменил военачальник Семенхара, который правил Дельтой – две колоссальные статуи этого правителя были найдены в Танисе.
XIII династия продолжилась правлениями Себекемсафа I, Себекхотепа III и Неферхотепа. До нас дошли памятники этих царей, они также известны по поздним письменным источникам. По текстам на памятниках очевидно, что в венах этих правителей не текла царская кровь.
Несмотря на регулярную, почти сезонную смену царей, на основании некоторых папирусов можно предположить, что визири могли сохранять свои должности на протяжении нескольких правлений. Например, некий Анху, очевидно, был визирем начиная со времени правления Усеркара-Хенджера вплоть до правления Себекхотепа III. Из этого следует, что реальная власть находилась не в руках царей, а в руках визирей. Данная гипотеза объясняет, почему, несмотря на бесконечную смену правителей, XIII династия длилась так долго.
И действительно, существуют определенные свидетельства преемственности администрации в условиях постоянной смены царей. Сохранились архивы того времени, в документах которых описаны общественные работы и функционирование сокровищницы. В этих папирусах встречаются косвенные упоминания того, что происходило в Египте. Папирус из Брук линского музея содержит длинный список работников, занятых в сельском хозяйстве: судя по нему, при Себекхотепе III в услужении у чиновников Верхнего Египта находилось много азиатов (по мнению У. К. Хейса). Невозможно не связать присутствие азиатов на юге долины с проникновением в Египет гиксосов – как пленников, захваченных в результате схваток египтян со стремившимися проникнуть в Дельту кочевниками, или нашедших работу в Египте наемников. В любом случае их присутствие в долине Нила не могло не способствовать захвату власти гиксосами.
Тщательно сопоставляя письменные источники и археологические данные, можно датировать правление Хасемхемра-Неферхотепа 1740–1730 гг. до н. э. В те времена Египет еще сохранял тесные отношения с Сирией, что подразумевает сохранение контроля над Дельтой. Юг также был подчинен центральной власти, как можно заключить по найденным в Асуане и на Элефантине статуе и надписям Неферхотепа I. Представляется, что, как и во времена царей XII династии, столица Египта находилась в Иттауи, откуда осуществлялся контроль почти над всей территорией страны.
При преемниках Неферхотепа I (Сахатхоре и Себекхотепе IV) власть царей и авторитет самого Египта заметно ослаб ли. Вскоре после воцарения Себекхотепа IV гиксосы захватили город Аварис, а Дельту заполонили азиаты. Постепенно цари XIII династии (Себекхотеп V, Мерсехемра-Неферхотеп II и Сехемра-Сеанхтауи-Неферхотеп III) полностью утратили влияние в Нижнем Египте. Как следует из текста Карнакской стелы, Неферхотепу III пришлось даже оборонять Фивы от врагов, пришедших, без сомнения, с севера. При Уахибра-Ибиау и Мернеферра-эйе династия продолжала клониться к упадку. Сохранилось лишь немного памятников, относящихся к тому времени, при этом Ибиау правил 11 лет, а Мернеферра-эйе – более 23. Последний пришел к власти около 1700 г. до н. э. Вероятно, он попал в зависимость от гиксосов, поскольку близ Авариса, находившегося в руках захватчиков уже более двадцати лет, был найден памятник с именем этого фараона.
О преемниках Мернеферра-эйе неизвестно почти ничего, кроме их имен, упомянутых в Туринском папирусе. С большой долей вероятности можно идентифицировать правителя Джеднеферра-Дидумеса с фараоном Тимаосом, в царствие которого, согласно Манефону, гиксосы вторглись в Египет. По мнению У. К. Хейса, последние начали захват Дельты еще около 1720 г. до н. э., поэтому манефоновское «вторжение» можно соотнести с взятием Мемфиса. Правление Дидумеса не могло начаться ранее 1674 г. до н. э., почти через полвека после того, как Аварис оказался во власти иноземных захватчиков.