Нам неизвестно, как умер Секененра. Но совершенно ясно, что начиная с его правления стали предприниматься активные действия по свержению гиксосского владычества. Ниже мы рассмотрим подробности этой борьбы с точки зрения фиванских царей. В ходе данного противостояния Ипепи потерял контроль над частью египетских земель. При его преемниках граница подвластных гиксосам земель сместилась на север к Атфиху, расположенному к югу от Фаюмского оазиса. Тем не менее фиванцам удавалось проникнуть в глубь гиксосских земель, вплоть до Авариса. А второй после Секененра царь Яхмес смог полностью изгнать иноземцев с территории Египта. В связи с этим правление последних гиксосских царей, преемников Ипепи I: Ипепи II и Хамуди – было недолгим.
Одновременно с шестью гиксосскими царями XV династии, которых иногда называют «великими гиксосами», в Египте правили другие иноземцы, так называемые «малые гиксосы» XVI династии. Их власть, по всей видимости, распространялась на незначительные территории, а имена большей части этих царей неизвестны. Можно упомянуть лишь нескольких – Акена, Анат-хара (его имя содержит имя семитской богини Анат, которую гиксосы почитали как супругу бога Сетха) и Семкена. Последнему царю этой «династии», Небхепешра-Ипепи III, принадлежал прекрасный бронзовый кинжал, найденный в Саккаре. Представляется, что цари XVI династии правили параллельно с царями XV династии, но их следует считать скорее местными князьями, чем истинными правителями. В связи с этим непонятно, почему Манефон выделил их в отдельную царскую династию. А. Х. Гардинер предложил исключить их из списка подлинных и подтвержденных источниками царских семей.
В египетских источниках, начиная от XVIII династии и вплоть до Манефона, период гиксосского владычества упоминается как мерзкое время, когда захватчики подвергали поруганию египетский народ и его традиции. Но это не подтверждается фактами. Очевидно, что гиксосы относились с уважением к египетской цивилизации. Их появление в Египте не было внезапным вторжением армии варваров. Гипотеза о том, что они одержали военную победу, используя все преимущества хорошо организованной армии, вооруженной более совершенным оружием, передвигавшейся на лошадях и колесницах и сражавшейся бронзовыми серпообразными мечами, против которой египтяне со своими медными кинжалами были просто бессильны, давно опровергнута. Мы также не находим подтверждения существованию гиксосских «крепостей» в Дельте и Сиро-Палестине. С ними иногда идентифицируют остатки сооружений в Телль-эль-Яхудии и в Гелиополе, но эти руины остались не от крепостей, а от храмов. Что же касается военных колесниц, новых видов кинжалов и мечей, использования бронзы и составного лука, то их действительно принесли гиксосы, но к концу своего пребывания в Египте. Гиксосы использовали эти новшества для удержания власти, но не при завоевании страны. Это завоевание было постепенным: можно представить небольшие группы кочевников, закаленных сложностями жизни в пустыне, которые проникали в глубь потерявшей централизованную систему обороны страны. Они распространяли свое влияние из одной области на другую, подчиняя себе запуганных и беззащитных крестьян. Гиксосское владычество было одним из эпизодов борьбы оседлого и кочевого населения, где временная слабость одной стороны привела к временной победе другой.
Конечно же это полностью умозрительная гипотеза, но она подтверждается археологическими данными. В Египте было найдено значительное количество гробниц гиксосского периода, и они не производят впечатления о том, что страна была завоевана иноземцами: нет резкой смены погребального обряда, захороненные индивиды довольно редко относятся к иноземному (преимущественно семитскому) типу (по Т. Сейв-Содербергу). Новый тип керамики из Телль-эль-Яхудии, который долгое время связывали с завоеванием гиксосов, в действительности появился уже в эпоху Среднего царства. Это импортные сосуды, которые, как выясняется, не имели ничего общего с иноземными захватчиками. То же относится и к другим типам керамики, которые также считались гиксосскими.
Кем же были эти гиксосы? Определенно не пришедшим издалека неизвестным народом. В источниках, которые использовал Манефон, преобладало негативное отношение к гиксосам, и поэтому их происхождение было явно занижено. Несмотря на присутствие хурритского и индоевропейского элементов, большая часть личных имен гиксосов имеет западносемитское происхождение; несемитский состав захватчиков не был ни многочисленным, ни значительным.