Рассказ предка

Причина в том, что – как долго вычислялось математическими генетиками – в большой популяции немного вредные гены, более вероятно, будут устранены естественным отбором прежде, чем у них будет шанс дрейфовать к фиксации. В маленькой популяции судьба, более вероятно, приведет немного вредный ген к фиксации до того, как его «заметит» естественный отбор. Доводя до крайности, вообразите популяцию, почти полностью уничтоженную некоторой катастрофой, в которой осталось лишь с полдюжины особей. Было бы не очень удивительно, если бы случайно у всех шестерых оказался немного вредный ген. В этом случае наша фиксация – 100 процентов популяции. Это – крайность, но математика показывает тот же эффект в более общем виде. Маленькие популяции одобряют дрейф к фиксации генов, которые были бы устранены в большой популяции.

Итак, как показала Охта, размер популяции больше алгебраически не сокращается. Напротив, он остается в самом нужном месте, принеся молекулярной теории часов немного пользы. Теперь, назад к нашим слонам и плодовым мушкам. Большие животные с длинными циклами жизни, такие как слоны, также имеют тенденцию создавать маленькие популяции. Маленькие животные с короткими циклами жизни, такие как плодовые мушки, имеют тенденцию создавать большие популяции. Это не просто случайный эффект, а довольно закономерный, и он сохраняется по причинам, которые не трудно понять. Так, даже если плодовые мушки имеют короткие поколения, которые стремятся ускорить часы, у них также большая популяция, которая замедляет их снова. У слонов могут быть настолько медленные часы, как и соответствующие мутации, но их маленькие популяции ускоряют часы снова в области фиксации.

У профессора Охта есть доказательства, что истинно нейтральные мутации, как в мусорной ДНК или в «синонимичном» замещении (Код ДНК  является «вырожденным», если любая аминокислота может быть определена больше чем одной «синонимичной» мутацией. Мутационное изменение, приводящее к точному синониму, не определяет исход.), кажется, измеряют время в поколениях, а не в реальном времени: существа с короткими поколениями демонстрируют ускоренную эволюцию ДНК, если Вы измеряете ее в реальном времени. Напротив, мутации, которые фактически изменяют что-то важное, и поэтому в неладах с естественным отбором, тикают более или менее постоянно в реальном времени.

Какой бы ни была теоретическая причина, на практике, похоже, с известными исключениями, которые мы можем обычно принять во внимание (Практически мы можем учесть их, тщательно выбирая наши гены часов  и избегая видов, таких как грызуны, с необычными нормами мутации.), молекулярные часы оказались применимым инструментом. Чтобы их использовать, мы должны нарисовать эволюционное дерево, которое связывает группу интересующих нас видов, и оценить количество эволюционных изменений в каждой линии. Это не столь же легко, как просто подсчитать различия между генами двух современных видов и разделить на два. Мы должны использовать передовую методику построения деревьев максимальной вероятности и филогенез Байеса, с которым мы познакомились в «Рассказе Гиббона». Зафиксировав несколько известных возрастов окаменелостей для калибровки, мы можем затем высказать обоснованное предположение о датах пунктов свиданий на дереве.