Войско Донское окончательно сформировалось уже после Смутного времени, при деятельной поддержке Москвы. Правительство помогало процессу объединения, рассчитывая, что он облегчит контроль за донской вольницей. В грамоте от 18 марта 1614 г., при обращении к казакам, содержится характерная запись «все наше войско нижних и верхних юртов и запольных речек». В том же году на Дон было прислано царское знамя. С 1613 г. началась посылка казакам регулярного жалованья. В первой половине XVII в., по разным причинам, оно не выплачивалось лишь в 1618, 1620, 1625–1627, 1629–1631, 1636 и 1647 гг. Первоначально, направляя на Дон «казну» правительство стремилось отвлечь казачество от поддержки Заруцкого и других врагов, переключить внимание донцов на борьбу с татарами, ногаями и азовцами. Расчет русских властей оправдался. Процессу консолидации не смогли помешать даже происходившие в 1617–1618 гг. волнения на Дону, когда был «выбит» из круга сторонник Москвы атаман Смага Чертенский. Возглавившие Войско Епиха Радилов и Исай Мартемьянов не дали ему распасться, сохранив союзнические отношения с Россией.
В 1614 г. численность казаков, живших в Раздорах и других низовых городках, составляла всего 1888 человек Постепенно ряды донской вольницы пополнились и казаки смогли активизировать свои действия против Турции и Крыма. Первый большой морской поход состоялся весной 1617 г. Казачье войско численностью 700 человек захватило и разграбило на анатолийском побережье города Синоп и Трапезунд. Это нападение явилось полной неожиданностью для турецкого правительства, попытавшегося принять меры для предотвращения новых казачьих атак. В 1618 г. под Азовом на реке Каланче для наблюдения за выходом донцов в море строиться башня, было засыпано русло Мертвого Донца, через которое ранее незамеченными проходили казачьи струги. Однако год от года нападения донцов и действовавших в союзе с ними запорожцев становились все мощнее.
В первой половине XVII в. лишь однажды — на рубеже 20–30-х годов, отношения русского правительства и казаков обострились и привели к конфликту и полному разрыву. В 1630 г. Москва, вступившая в антипольский союз с Турцией, потребовала от донцов выступить в поход на помощь турецкой армии, стоявшей под Очаковым. Казаки решительно отвергли это предложение, заявив, что они никогда своим врагам туркам «не служивали». Более того, донцы продолжали совершать нападения на Крым. Правительство арестовало приехавших Москву с войсковыми отписками атамана Наума Васильева и 70 казаков, разослав по городам в заточение. Патриарх Филарет объявил казакам «вечное запрещение и отлучение». Действия московских властей вызвали на Дону взрыв возмущения, жертвой которого стал воевода Иван Карамышев, казненный донцами по вздорному обвинению в желании «казаков казнить казнью смертною, вешать и в воду сажать и кнутьем достальных бить». Войсковым атаманом был тогда Волокита Фролов. Правительство попыталось организовать блокаду Дона, однако жители русского порубежья легко обходили запреты властей, пользуясь покровительством местных воевод, поддерживавшими тех кто торговал с донцами в интересах личного обогащения. Определенную роль сыграло разрешение для русских людей ездить на Дон для выкупа оказавшихся в татарском плену родственников. Пользуясь этим, целые караваны тяжело нагруженных лодок-будар отправлялись к вольным казакам, доставляя им необходимые запасы. Достаточно подробные сведения об истинном положении дел поступили в Москву в 1631 г. от лазутчиков из числа царицынских стрельцов, посланных на Дон «проведывать всяких вестей» и узнать «казачьи умышленья». По возвращении они доложили, что видели у казаков торговых людей, прибывших на бударах из Воронежа «со всякими хлебными запасы, и с медом, и с вином, и з зельем, и с свинцом, и с сукны». На Дону также ждали прибытия 20 будар из Белгорода и приезда 70 торговых людей из Валуек, которые, как выяснилось позднее, были на Северском Донце перехвачены и разгромлены запорожцами. Правительство попыталось провести розыск в отношении лиц, дерзко нарушавших его запреты, однако он окончился практически безрезультатно. Впрочем, разрыв донского казачества с Москвой оказался непродолжительным. В 1632 г. в канун Смоленской войны при войсковом атамане Иване Каторжном, отношения были восстановлены.
В те годы правительство стремилось использовать вольное казачество для прикрытия русских границ, выплачивая им за службу небольшое жалованье. Сохранились достаточно подробные сведения о посылках на Дон царской «казны» за 1621–1648 гг. Общие показатели произведенных денежных выплат и выдачи вещевых и продовольственных припасов даны в следующей таблице:
* В документе сделана пояснительная запись: «И тот запас в том году не послан, для того под Азов пришли турские люди, и тот запас стал на Воронеже».