Несмотря на подобные эксцессы, омрачавшие отношения Москвы и Дона, складывающаяся на южных границах обстановка вынуждала русское правительство использовать боевые возможности казачества, направляя их против общего врага — Крымского ханства. Пользуясь поддержкой и помощью Московского государства, Войско Донское значительно окрепло. Умножилось число казачьих поселений. В середине XVII в. на Дону было 30–34 городка, на Хопре — 4 городка, на реке Медведице — 3 городка.
На врага казаки ходили «конною» (сухим путем) и «плавною» ратями. Их походы могли представлять собой как общевойсковые операции, так и предприятие некоего сообщества казаков, сплоченных общей целью. Отправляясь на войну, казаки не отягощали себя большими обозами, беря с собой лишь запас сухарей, оружие и боеприпасы. Дисциплина в походном войске поддерживалась идеальная, распоряжения походного атамана выполнялись немедленно и беспрекословно. Своим вождям казаки говорили: «Куда ты глазом кинешь, туда мы кинем головы». За малейшее нарушение, обман и воровство у товарищей, «за некрепкую службу» суд вершился немедленно прямо в казачьем кругу. Виновного либо зашивали в куль и бросали в реку, либо, по свидетельству Котошихина: «Посадя на площади или на поле» расстреливали из луков или пищалей. На время военных действий под страхом немедленной смерти казакам запрещалось употребление хмельных напитков. Вооружены они были ручницами (пищалями), копьями и саблями, легкими пушками. Если в бою их окружали превосходящие силы противника, то донцы, спешившись и образовав круг, отстреливались от нападавших, прикрываясь лошадьми. Атаковали казаки лавой (сотней, выстроившейся в одну линию), стремясь обойти фланги неприятельского строя; при этом за атакующей лавой следовала вторая, а затем, возможно, и третья, довершавшая разгром врага.
Для морских походов они изготовляли корабли — струги, каждый из которых вмещал 70–80 человек. Даже несколько таких судов могли на равных вести бой с турецкими военными кораблями. В документах сохранилось описание сражения, произошедшего недалеко от Керчи, где 2 казачьих струга были атакованы 10 турецкими каторгами, но отбились, обратив врага в бегство. При этом 4 турецкие галеры были казаками захвачены.
В отличие от донского, яицкого, терского казачества служилые казаки с самого начала входили в действующую военную организацию Московского государства. Как самостоятельный разряд служилых людей «по прибору» они появляются на Руси во второй половине XVI в. Казачьи приказы и сотни были расквартированы не только в южных, но и в северо-западных городах страны. Правительство расплачивалось со служилыми казаками денежным и хлебным жалованьем, а также наделяло их небольшими участками земли. В пограничных городах они размещались преимущественно в особых казачьих слободах. «Прибираемые» казаки получали название того города, где были поселены, с обязательным определением характера службы (станичной, полковой, городовой), а иногда с обозначением способа их обеспечения (вотчинные, поместные, кормовые).
Внутренняя организация служилых казаков, за исключением поместных, была такой же, как у городовых стрельцов. Казаки находились «в приборе» у головы, набиравшего их на службу. Казацкий голова непосредственно подчинялся городовому воеводе или осадному голове. Нормальный состав прибора составлял 500 человек. Приборы делились на сотни, полусотни и десятки. Поместные казаки включались в состав дворянских конных сотен. Так, в полку воеводы И. Г. Сорнякова-Писарева на смотре в 1629 г. помимо 219 елецких детей боярских и 54 недорослей «объявилось» 16 поместных казаков.
Общее число городовых казаков в середине XVII в. по «Смете всяких служилых людей» 1651 г. достигло 19 115 человек, не считая тех, которые служили вместе с дворянами и детьми боярскими.