Всё это вместе взятое делает совершенно невозможным мою дальнейшую работу в НКВД. Ещё раз прошу освободить меня от работы в Наркомате Внутренних Дел СССР. Несмотря на все эти большие недостатки и промахи в моей работе, должен сказать, что при повседневном руководстве ЦК НКВД погромил врагов здорово.
Даю большевистское слово и обязательство перед ЦК ВКП(б) и перед тов. Сталиным учесть все эти уроки в своей дальнейшей работе, учесть свои ошибки, исправиться и на любом участке, где ЦК считает необходимым меня использовать, — оправдать доверие ЦК. Ежов».
24 ноября состоялось очередное заседание Политбюро. На нем было принято постановление: «Рассмотрев заявление тов. Ежова с просьбой об освобождении его от обязанностей наркома внутренних дел СССР и принимая во внимание как мотивы, изложенные в этом заявлении, так и его болезненное состояние, не дающее ему возможности руководить одновременно двумя большими наркоматами, — ЦК ВКП(б) постановляет:
1. Удовлетворить просьбу тов. Ежова об освобождении его от обязанностей народного комиссара внутренних дел СССР.
2. Сохранить за тов. Ежовым должности секретаря ЦК ВКП(б), председателя комиссии партийного контроля и наркома водного транспорта. Секретарь ЦК И. Сталин».
1 декабря 1938 года было принято постановление Политбюро ЦК ВКП(б) «О порядке согласования арестов». Оно было подписано Сталиным и Молотовым. Постановление еще раз подтверждало отмену всевластных «троек» и одновременно восстанавливало положения указания Сталина от 13 февраля 1937 года о недопустимости арестов руководителей производства без разрешения соответствующих наркомов. Более того, постановление расширяло круг арестов, санкцию на которые НКВД должен был получать от производственных наркоматов. В постановлении говорилось: «Разрешение на аресты руководящих работников наркоматов Союза и союзных республик и приравненных к ним центральных учреждений (начальников управлений и заведующих отделами, управляющих трестами и их заместителей, директоров и заместителей директоров промышленных предприятий, совхозов и т. п.), а также состоящих на службе в различных учреждениях инженеров, агрономов, профессоров, врачей, руководителей, ученых, учебных и научно-исследовательских учреждений — даются по согласованию с соответствующими народными комиссарами Союза ССР или союзных республик, по принадлежности».
Было также запрещено арестовывать членов и кандидатов в члены ВКП(б) без согласования «с первыми секретарями, а в случае их отсутствия — со вторыми секретарями районных, или городских, или окружных, или краевых, или областных комитетов ВКП(б), или ЦК нацкомпартий».
Аресты руководящих работников требовали разрешения высшего партийного или советского руководства. Отныне требовались разрешения Секретариата ЦК ВКП(б) на аресты коммунистов, «занимающих руководящие должности в наркоматах Союза СССР и приравненных к ним центральных учреждениях, или в отношении ответственных работников-коммунистов партийных, советских и хозяйственных учреждений». Постановление запрещало производить аресты депутатов Верховного Совета СССР, Верховных Советов союзных и автономных республик без согласия председателей Президиума Верховного Совета СССР или председателей Президиума Верховных Советов союзных и автономных республик. Аресты военнослужащих высшего, старшего и среднего начальствующего состава можно было производить лишь «по согласованию с наркомом обороны или наркомом Военно-Морского Флота».
Постановление запрещало производить любые аресты без санкций прокуроров. Даже «санкции на аресты, производимые народным комиссаром внутренних дел Союза ССР», отныне должны быть даны «прокурором Союза ССР». Возможности НКВД производить бесконтрольные аресты, которые существовали с июля 1937 года, были серьезно ограничены.
Сразу после отставки Ежова с мест стали поступать сообщения о произволе органов НКВД. 4 декабря 1938 года первый секретарь Орловского обкома партии В. И. Бойцов направил И. В. Сталину записку, в которой говорилось: «На основании приказа б. народного комиссара внутренних дел Союза ССР — Генерального комиссара государственной безопасности тов. Ежова за № 00606 от 17 сентября 1938 года, Особая тройка при Управлении НКВД Орловской области рассматривала 61 дело ДТО НКВД Московско-Киевской ж. д. при ст. Брянск.