Летом 1920 года, несмотря на две неудачные попытки Народно-революционной армии ликвидировать «Читинскую пробку», положение Дальневосточной Республики упрочилось. Командование экспедиционных сил Японии поняло, что интервентам в Забайкалье удержаться не удастся. 17 июля японцы вынужденно подписали на железнодорожной станции Гонгота соглашение с советской стороной о взаимном прекращении здесь военных действий. По Гонготскому соглашению, японская сторона обязывалась с 25 июля начать эвакуацию своих войск из Читы в Маньчжурию.
В Забайкалье оставались только белогвардейские силы (около 35 тысяч штыков и сабель при 40 орудиях и 18 бронепоездах). Что касается бронепоездов, то они, в отличие от бронепоездов Первой мировой войны и Гражданской войны в европейской части России, носили импровизированный характер.
Уход японских войск из Читы позволил Народно-революционной армии провести 3-ю Читинскую наступательную операцию, которая закончилась полным успехом. Однако наступать со стороны Байкала советские войска по Гонготскому соглашению не могли. Задача ликвидации «Читинской пробки» была возложена на Амурский фронт, в командование которым вступил С.М. Серышев (около 30 тысяч штыков и сабель при 35 орудиях, 2 танках и 2 бронепоездах).
Удар по группировке войск атамана Семенова у Читы наносился из Восточного Забайкалья в полосе города Нерчинск — узловая железнодорожная станция Карымская. Операция проводилась в течение всего октября месяца и начиналась с действий партизанских отрядов вокруг Читы. После этого в наступление перешли войска Народно-революционной армии. Амурский фронт перешел в наступление 15-го числа. Вскоре столица Забайкалья Чита была освобождена от белых войск.
Бои носили исключительно упорный, ожесточенный характер (особенно у станции Мациевской), и после сдачи железнодорожных станций Оловянная и Борзя семеновские войска и каппелевцы укрылись на территории соседней Маньчжурии, на линии отчуждения КВЖД. Часть семеновских войск под командованием генерала барона Р.Ф. Унгерна фон Штернберга укрылась в Монголии.
Председатель Временного правительства Дальневосточной Республики A.M. Краснощеков отправил в Москву победное сообщение о восстановлении Советской власти в Чите и на всей территории Забайкальской области. Среди прочего в сообщении говорилось:
Если японцы покинули Забайкалье «по своей воле», то уходить с территории собственно Дальнего Востока они не собирались. Но мировому общественному мнению требовалось доказать необходимость дальнейшего пребывания здесь интервенционистских войск Японии. Для этого требовался предлог, который и был найден командованием экспедиционного корпуса без больших затруднений. Им стал так называемый Николаевский инцидент.
Впоследствии он фигурировал как «неопровержимое» доказательство «агрессивности русских» на многих международных конференциях — Вашингтонской, Дайренской и Чаньчуньской, где обсуждались вопросы отношений мира капитала с Советской Россией.
Япония пыталась упрочить свое положение на Дальнем Востоке путем переговоров с правительством «буферной» Дальневосточной Республики. Именно с этой целью и была созвана международная Дайренская конференция, продолжавшаяся с 26 августа 1921 года по 16 апреля 1922 года. На Дайренской конференции неофициально присутствовал представитель Совета Народных Комиссаров РСФСР польский революционер Ю.Ю. Мархлевский. Делегацию Дальневосточной Республики возглавлял заместитель премьер-министра Ф.Н. Петров.
Николаевский инцидент произошел 12—14 марта 1920 года. Еще в начале февраля отряды красных партизан низовьев Амура захватили крепость Чныррах и до 28 февраля держали с суши в блокаде город Николаевск-на-Амуре, который занимали японский гарнизон и белогвардейцы. Японское командование заключило с партизанами соглашение, по которому обязывалось соблюдать нейтралитет и не вмешиваться в жизнь освобожденного партизанами города.