Однако нейтралитет интервенты соблюдали недолго. В ночь на 12 марта японский гарнизон под командованием майора Исикава, по-самурайски вероломно нарушив недавнее соглашение, внезапно атаковал казармы партизан и их штаб. Однако нападавшие не добились желаемого и не застали амурских партизан врасплох. В ходе кровопролитных трехдневных боев японский гарнизон оказался наголову разгромленным и изгнанным из города.
Несколько позднее, после очищения Амура ото льда, в Николаевск-на-Амуре на военных судах прибыл крупный японский экспедиционный отряд с карательными функциями. Партизаны из-за своей малочисленности и плохой вооруженности, отсутствия боеприпасов не могли защищать освобожденный город и ушли из него вместе с местными жителями. Японцам, по сути дела, без боя достался обезлюдевший город, который прикрывал собой устье реки Амур.
Полный разгром гарнизона интервентов в Николаевске-на-Амуре дал японскому командованию предлог для захвата власти в важнейших центрах Приморья и Приамурья, для разгрома советских войск Временного правительства Приморского края. Токио начал шумную кампанию под флагом необходимости «зашиты жизни японских подданных» на российском Дальнем Востоке. Верховные власти Антанты одобрили предстоящую акцию своего восточного союзника.
В ночь на 5 апреля японские войска одновременно совершили вооруженные нападения на местные органы народной власти и русские гарнизоны во Владивостоке, Никольск-Уссурийском, Хабаровске, Шкотове, Раздольном, Спасске и в ряде других пунктов. Казармы советских войск расстреливались из орудий и пулеметов. В городе Никольск-Уссурийский был разогнан собравшийся там областной съезд трудящихся Приморского края. Были захвачены и обезоружены все таможенные посты. Такой «переворот» привел к гибели множества мирных жителей.
Нападения в ночь на 5 апреля совершались японскими войсками под предлогом ликвидации угрозы нападения на них со стороны русских. Японское «осведомительное» (то есть информационное) бюро во Владивостоке объясняло эту акцию тем, что неизвестные русские солдаты стреляли по гаражу базы снабжения интервентов.
Во Владивостоке в первую очередь были захвачены правительственные здания — областной земской управы, Военного совета, штаб правительственных войск, морской штаб, флотские казармы, железнодорожный вокзал. Потом были захвачены железнодорожные станции — Первая и Вторая Речка. Приморская столица подверглась артиллерийскому обстрелу с кораблей японской эскадры, стоявшей в бухте Золотой Рог. На захваченных зданиях незамедлительно вывешивались государственные флаги Страны восходящего солнца. Японские военные в дни переворота подвергли жестокой расправе приморских корейцев. Современники тех событий писали:
Заведующий таможенным постом в Барабаше Кишкин сообщал таможенному инспектору о том, как был разоружен и «ликвидирован» его пост на государственной границе России с Маньчжурией:
«5