Несмотря на огромное превосходство в силах (70 тысяч японских войск и эскадра боевых кораблей с ее десантными отрядами моряков против 19 тысяч революционных войск), интервентам не удалось одержать полную военную победу. Более того, они не смогли разгромить местные партизанские отряды, отошедшие из городов и сел в Уссурийскую тайгу и укрепившиеся там.
Достигнув таким образом некоего военного преимущества, командование японского экспедиционного корпуса «пошло» на мирные переговоры с Приморской областной земской управой (Временное правительство Дальнего Востока, в котором преобладающее влияние имели большевики). Согласно заключенным условиям Русско-японского соглашения 1920 года интервенты сохраняли за собой Южное Приморье и в то же время захватывали Северный Сахалин и низовье Амура. То есть таким образом на какое-то время узаконивалась оккупация Японией всего российского побережья Тихого океана.
По заключенному Русско-японскому договору прекращались боевые действия между интервенционистскими войсками и русскими отрядами. Русским вооруженным силам, «к каким бы политическим партиям и группам они ни принадлежали», запрещалось находиться в пределах районов, «ограниченных линиею, проходящей в 30 км от конечного пункта, занимаемого японскими войсками по Уссурийской железной дороге, и к востоку и северу от названной железной дороги, с одной стороны, и линиею русско-китайско-корейской границы с запада и юга — с другой», а также в «полосе вдоль Сучанской железной дороги до Сучана и от конца ее — на расстоянии 30 км в каждую сторону». Эти районы составляли так называемую нейтральную зону.
В течение трех дней русские отряды отводились отсюда за демаркационную линию. Японское командование обязывалось не чинить препятствий снабжению их в новых местах базирования продовольствием, фуражом и одеждой. Русские отряды могли перемещаться за демаркационной линией, но без права перемещения в Забайкалье и на Северный Сахалин. Передвигаться в «нейтральной зоне» и пользоваться Уссурийской железной дорогой русские войска могли только с согласия японского командования.
Для исполнения милицейских обязанностей в «нейтральной зоне» и по линиям железных дорог допускалось нахождение формирований русской военизированной милиции. Но ее состав, численность и вооружение в каждом отдельном случае определялись японской стороной. То же самое касалось русских конвойных и караульных воинских частей, находившихся во Владивостоке. Охрана железных дорог велась на основании «постановлений, выработанных Союзным военным комитетом».
У японцев оставались захваченные в «нейтральной зоне» в ночь на 5—6 апреля оружие, патроны и снаряды, изготовляющие их заводы, воинские склады. Русской стороне возвращалось только то стрелковое и холодное оружие, которое было необходимо для несения милиционной, караульной и конвойной службы, а также Дальневосточный механический и судостроительный завод (современный Дальзавод) во Владивостоке, но «с условием не приготовлять на нем военных материалов». Японцы оставляли за собой даже склады с материалами военного обихода, «не имеющие непосредственного отношения к военным действиям». За интервентами оставались захваченные ими казармы русских войск и флотские казармы.
Соглашение не затрагивало вопроса о судьбе захваченных японцами в ночь 5—6 апреля русских военных судов во внутренней гавани Владивостока и на реке Амур, в Хабаровске. Это были дивизион судов Сибирской военной флотилии (в том числе подводные лодки), 18 канонерских лодок и 10 разведывательных судов Амурской речной флотилии, 6 канонерских лодок и 8 пароходов (4 из них принадлежали частным владельцам) различных партизанских отрядов.
Лишь 3 августа 1920 года японское командование согласилось подписать «Протокол о русских военных судах на Дальнем Востоке», дополнявший Русско-японское соглашение. Приморским властям передавались все «задержанные во время апрельских событий японской эскадрой русские военные суда», но без вооружения и боевых припасов, судьба которых «подлежала решению в будущем». Местные суда, уходившие в плавание на срок более суток, обязывались ставить об этом в известность японское морское командование во Владивостоке с указанием цели плавания и маршрута. Морские силы интервентов полностью контролировали судоходство вдоль берегов Южного Приморья.
Однако к концу 1920 года военная обстановка на Дальнем Востоке начала складываться не в пользу интервентов. Японцам не оставалось ничего другого, как окончательно отказаться от планов захвата Амурской области. К 21 октября им пришлось полностью эвакуировать свои войска из города Хабаровска и его окрестностей. Интервенты отошли к Иману и укрепились там. Хабаровск и линия железной дороги от него до реки Иман была занята частями Народно-революционной армии Амурского фронта. Однако вскоре после этого Гражданская война на Дальнем Востоке получила свое новое развитие.