Делая ставку на Помпея, Марк Клавдий Марцелл прилагал все усилия для того, чтобы навредить Цезарю. Как пишет Аппиан, «Цезарь основал в Верхней Италии город Новумкомум, даровав ему латинское право; тот из его жителей, кто в течение года занимал высшую должность[52]
, становился римским гражданином, — таково значение латинского права. Марцелл, с целью оскорбить Цезаря, приказал высечь розгами одного из новумкомцев, занимавшего у себя городскую магистратуру и потому считавшегося римским гражданином, чего нельзя было сделать с лицом, обладавшим правами римского гражданства[53]. Марцелл по своей пылкости открыл свою мысль: удары служат признаком негражданства. Поэтому он приказал высечь этого человека и рубцы показать Цезарю. Дерзость Марцелла дошла до того, что он предлагал до окончания срока послать Цезарю преемников по наместничеству. Но Помпей воспрепятствовал этому под тем лицемерным предлогом, что из-за остающегося краткого срока не следует оскорблять такого блестящего мужа, как Цезарь, принесшего столько пользы отечеству. Тем самым Помпей показал, что по истечении срока Цезаря должно лишить власти[54]» [Appian «В. С.»,II, 26].Неудивительно, что когда конфронтация между Цезарем и Помпеем переросла в гражданскую войну, Марк Клавдий Марцелл оказался в лагере Помпея, но после того, как 6 июня 48 г. до н. э. Помпей потерпел сокрушительное поражение в битве при Фарсале, Марцелл не стал продолжать борьбу, как это сделали наиболее рьяные помпеянцы, продолжившие сопротивление Цезарю в Африке и Испании, а удалился в изгнание в город Митилены на находившемся под властью Рима греческом острове Лесбос.
Менее «отличившиеся» в борьбе с Цезарем члены семейства Марцел-лов вообще поспешили перейти на его сторону и вскоре вновь оказались в фаворе.
В Риме у Марка Клавдия Марцелла осталось немало сторонников. Хлопотали за него и его родственники. «Здесь о твоём прощении молит тревога, молят также обильные постоянные слёзы Гая Марцелла, твоего брата, глубоко преданного тебе», —
писал в сентябре 46 г. до н. э. в письме Марку Клавдию Марцеллу его друг Марк Туллий Цицерон (Письмо CCCCLXXXVII, [Fam., IV, 7].