Но Филипп вовсе не хотел быть всего лишь соправителем Гордиана, да и никаким опекуном Гордиану он быть не собирался. Он видел себя лишь единственным правителем Империи, а устранение Гордиана произвёл хитро и постепенно. «Приняв на себя императорскую власть, Филипп стал держать себя по отношению к Гордиану очень высокомерно, а тот, сознавая себя императором и происходя из знатнейшей фамилии, не мог выносить наглости этого человека низкого происхождения. Он поднялся на трибуну и стал жаловаться начальникам и воинам в присутствии префекта Меция Гордиана, своего родственника, в надежде добиться отнятия власти у Филиппа. Но ничего не достиг этой своей жалобой, обвиняя Филиппа в том, что тот забыл о его благодеяниях и оказался неблагодарным. Он просил воинов, прямо обращался к начальникам, но приверженцы Филиппа оказались сильнее. Наконец, видя, что его ставят ниже Филиппа, он просил, чтобы, по крайней мере, власть была разделена между ними на началах равенства, но не добился и этого. Потом он просил, чтобы его считали Цезарем, но этого тоже не получил. Он просил даже, чтобы его назначили префектом у Филиппа, но и в этом ему было отказано. Последняя его просьба заключалась в том, чтобы Филипп взял его в полководцы и оставил ему жизнь»
[Iul. Capit. «Gordian III», XXX, 1–7].Эта просьба низвергнутого императора также была отвергнута. Потенциальный соперник, пусть даже посрамлённый и униженный, тоже мог представлять определённую опасность. Поэтому «Филипп, воспользовавшись тем, что сильный гнев воинов против Гордиана, вызванный голодом, ещё не остыл, приказал увести его, несмотря на крики, снять с него всё и убить»
[Iul. Capit. «Gordian III», XXX, 8].Так в 244 г. погиб римский император Гордиан Третий.
Убийство Гордиана Третьего было, наверное, одним из самых лицемерных в римской истории. Филиппу надо было добиться ещё и признания сената, а в Риме могли возмутиться, узнав об убийстве прежнего императора. И вот Филипп вновь пошёл на хитрость лицемерную, но эффективную: «чтобы не казалось, что он достиг власти путём жестокости, послал в Рим письмо, в котором он написал, что Гордиан умер от болезни и что сам он избран всеми воинами. Сенат был введён в заблуждение, так как речь шла о делах, о которых, он не был осведомлён. Провозгласив Филиппа государем и назвав его Августом, он причислил юного Гордиана к богам»
[Iul. Capit. «Gordian III», XXXI, 2–3].Верхом лицемерия было то, что, хотя Гордиан Третий был убит по приказу Филиппа, в дальнейшем, возвратившись в Рим, Филипп «не осмелился ни удалить его изображения, ни сбросить его статуи, ни стереть его имя, но, называя его всегда божественным, даже перед теми воинами, которые участвовали в его интриге, серьёзно и с неримским лицемерием чтил Гордиана»
[Iul. Capit. «Gordian III», XXXI, 7].