Помпей и его сторонники, у которых в Италии оказалось на тот момент меньше войск, чем у Цезаря, бежали из Рима, не решившись защищать столицу. По той же причине помпеянцы затем без сколько-нибудь серьёзного сопротивления вообще покинули Италию. Но сдаваться Помпей и его сторонники не собирались. Захватив контроль над большинством римских провинций, они спешно приступили там к мобилизации и развёртыванию войск, с тем чтобы взять реванш. Главные силы помпеянцев во главе с самим Гнеем Помпеем «Великим» сосредоточились на Балканах. Но начавшись в Италии, война, как уже говорилось выше, очень быстро охватила почти все провинции Рима — боевые действия развернулись и на Балканах, и в Испании, и в Африке. Значительная часть римлян, поддержавшая Гнея Помпея «Великого», сделала это, считая, что он отстаивает республиканские ценности, а Гай Юлий Цезарь стремится к установлению единоличной власти. Однако республиканские идеалы Гнея Помпея были не чем иным, как обыкновенным популизмом. Марк Туллий Цицерон писал об этом 27 февраля 49 г. до н. э., уже после начала гражданской войны, в письме своему другу Помпонию Аттику:
В 48 г. до н. э. Цезарь разгромил Помпея в битве при Фарсале. Бросив остатки своих войск, Помпей бежал в Египет, но был убит там по приказу местного царя. Однако война на этом не закончилась, и Цезарю, несмотря на то, что действовал он решительно и быстро, для установления полного контроля над всеми римскими владениями пришлось ещё несколько лет провести в походах в Азии, Африке и Испании. Лишь в 45 г. до н. э., после того как 17 марта того же года в Испании в битве при Мунде были разгромлены последние войска сторонников Помпея, во главе с его сыновьями Гнеем и Секстом, организованное сопротивление противников Цезаря было сломлено.
Установленный Цезарем режим был диктатурой. Причём почти сразу после начала войны, захватив Рим, Цезарь четырежды, соблюдая формальности, получал от во всём послушного сената полномочия диктатора па год, а с 44 г. до н. э. был объявлен пожизненным диктатором. Но было бы совершенно неверно представлять себе войну Цезаря против Помпея как войну узурпатора против убеждённого сторонника республики. Многие из римлян представляли себе дело именно так, и именно этим была обусловлена та поддержка, которую часть римлян оказывала Помпею. Однако даже среди тех, кто с оружием в руках встал на сторону Помпея, многие сомневались в его искренности и полагали, что и Помпей также стремился к установлению единовластия. Скорее всего, именно эта точка зрения и была правильной. И очень сложно сказать, была бы ли власть Помпея в случае его победы менее авторитарна, чем власть Цезаря. К тому же следует заметить, что режим Цезаря нельзя назвать жестоким — казни при нём были редкостью, — напротив, он помиловал большую часть взятых в плен своих прежних противников. Просто ход развития Римской республики привёл к тому, что в прежней форме она уже была не способна к существованию, и либо Цезарь, либо Помпей, либо кто-нибудь ещё должен был установить более устойчивую форму правления. Цезарь видел это в установлении режима единоличного правления.