В 1979 году в судьбе специального агента Ханссена произошёл крутой взлёт — он был переведён в контрразведывательную программу ФБР, в рамках которой ему как компьютерному асу была поручена разработка компьютерной базы данных по советской разведке. Надо сказать, что навыки Ханссена в области компьютерных технологий были на тот момент весьма продвинутыми. Например, когда я в 1980 году после окончания МГУ пришёл на работу в головной академический институт, более того — в лабораторию математических методов прогнозирования месторождений — в институте была единственная вычислительная машина «МИР-2» размером с комнату, быстродействие которой составляло 12 тыс. операций в секунду. Для сравнения, производительность персонального компьютера на базе двухъядерного процессора AMD Phenom 9500 sAM2+ с тактовой частотой 2,2 ГГц равна 2200 МГц × 2 ядра × 4 ×10 — 6 = 17,6 млрд операций в секунду. Поскольку 1 терафлопс = 1 триллион операций в секунду, то получаем 0,0176 терафлопс. Среднестатистический современный настольный компьютер имеет производительность порядка 0,1 терафлопса. К суперкомпьютерам причисляют системы с вычислительной мощностью более 10 терафлопсов. Одна из наиболее мощных современных компьютерных систем — китайский
Вскоре после этого, в том же 1979 году, Ханссен обратился в Главное разведывательное управление (ГРУ) Генерального штаба Вооружённых сил СССР и предложил ему свои услуги. Чтобы подтвердить свои возможности, он предоставил ГРУ набор сведений, в том числе подробности о деятельности
После того как 18 февраля 2001 года Ханссен был арестован и 6 июля того же года официально признался в сотрудничестве с советской, а потом и российской разведкой, его жена на одном из допросов вспомнила, что ещё в 1979 году он проговорился ей о своей двойной жизни, после чего она стала подозревать его в шпионаже в пользу СССР. Однако Ханссену удалось убедить жену в том, что он «обманывает русских, поставляя им ложную информацию, чтобы посмотреть, “заглотят” они её или нет». Однако после этого разговора с женой он прекратил свои контакты с советской разведкой на целые шесть лет.
В январе 1981 года Ханссена перевели в штаб-квартиру
В 1983 году Ханссен был переведён в аналитическое отделение, занимающееся Советским Союзом. Там он получил доступ к информации о практически всех проводимых ФБР операциях против советских граждан в США. В его обязанности входила аналитическая оценка того, можно ли считать предложивших свои услуги советских граждан настоящими агентами, или они являются агентами-двойниками. В начале 1985 года его с повышением снова направляют в нью-йоркское отделение ФБР, где он занял должность начальника бригады наружного наблюдения отделения контрразведки, главной задачей которой была слежка за сотрудниками Постоянного представительства СССР при ООН. Кроме того, в его служебные обязанности входила выработка рекомендаций для отдела спецопераций, который непосредственно проводил задержания и аресты. Скорее всего, именно это обстоятельство привело его к решению возобновить контакты с советской разведкой.