Гуманисты младшего поколения, такие как Филипп Меланхтон, внучатый племянник Ройхлина, присоединились к Лютеру в Виттенберге. В Базеле толпа приветствовала священника, когда тот нес Библию вместо Гостии во время процессии на празднике Тела Христова. В присутствии студентов Виттенбергского университета Лютер сжег буллу и папские декреты.
Правда, вовсе не ожидали, что студенты согласятся с увиденным. Им сказали, что обеты, целибат священнослужителей и причастие хлебом неверны. 29 сентября 1521 года Меланхтон и несколько его молодых приятелей приняли причастие и хлебом, и вином.
4 декабря разъяренная толпа студентов разрушила алтарь в церкви францисканцев. В канун Рождества толпа нарушила порядок в приходской церкви, распевала песни, насмехаясь над службой. Во время Рождества один из профессоров (коллега Лютера Карлштадт), одетый мирянином, чтобы праздновать мессу, упростил литургию и дал мирянам причастие обоих видов.
В январе издали распоряжение, что плату за совершение месс, являвшуюся постоянным источником дохода для братств, следует передать в управление комитета мирян. Он должен был назначать пособие священникам, облегчать положение бедняков и выделять приданое для неимущих девушек. Запрещалось попрошайничество и бордели. Велели, чтобы предметы таинства во время причастия находились в руках причащающихся, чтобы причастие осуществлялось в двух формах и чтобы убрали иконы и боковые алтари в церквах. Одновременно с установлением предписаний происходили и местные выступления, сопровождавшиеся разбиванием статуй и икон.
Кроме вспышек ярости раздавались угрозы, направленные против консервативных священников или монахов, языка «трех пророков» (так называемые проповеди в Цвиккау), появившиеся во время беспорядков. Подобные нововведения были достаточно умеренными, хотя такой набожный католик, как курфюрст Фридрих, их не принял.
Лютеру не нравилось происходящее. В марте 1522 года он выехал из Вартбурга, сменил свою светскую одежду и появился на улицах Виттенберга одетым так, как было принято у августинцев. Стремясь избежать насилия, он был готов отказаться от частных месс, приостановленных обетов и женитьбы священников. Однако Лютеру удалось утихомирить выступление личным давлением. В марте 1523 года он одобрил упрощенную литургию, в 1524 году Карлштадту пришлось покинуть Саксонию.
В Германии центральное правительство не играло особой роли. Фактическая власть находилась у представителей разных слоев общества: князей, городских магистратов, знати, крупных феодалов, награбивших свое состояние, рыцарей. Они управляли, полагаясь не на имперские законы, а на свою силу. Поэтому в Германии велась постоянная борьба против частных армий крупных феодалов или рядовых рыцарей, периодически происходило подавление крестьянских восстаний.
Хотя Лютер и ненавидел беспорядки, он успешно противостоял центральному правительству, призывал всех праведных людей подняться и реформировать власть духовенства, остававшегося самой консервативной силой в Германии. Зажженный внизу огонь постепенно разгорался.
Крестьяне в своей жизни вели мучительное существование и выказывали недовольство. Их мятежи, происходившие под знаком башмака, в течение долгого времени носили антицерковный характер, они возглавлялись голодающими солдатами или обедневшими рыцарями. Крестьяне поддерживали простые лозунги, основанные на том, что на христианской земле вся собственность должна быть общей. Они верили в апокалиптические проповеди, которые распространяли странствующие пророки типа Томаса Мюнцера.
В 1524–1525 годах по Южной Германии прокатился ряд крестьянских восстаний. Вожди требовали справедливости, освобождения, свободы от давления землевладельцев, права выбирать своих пастырей, восстановления общинного землевладения.
Крестьяне бунтовали по всей Центральной и Южной Германии, сжигая монастыри и замки. В мае 1525 года саксонская крестьянская армия была разбита под Франкенхаузеном, Мюнцера казнили, восстание подавили, в некоторых местах с предельной жестокостью, что усилило власть князей, управлявших Германией, и повлекло за собой радикальные последствия для Лютера и его движения.
Лютер родился в крестьянской семье и хорошо знал о жалком положении крестьян. Он резко выступал против угнетения землевладельцев и соглашался с большинством требований крестьян. Однако Лютер ненавидел вооруженные выступления. Как он полагал, путь мирного и настойчивого требования является единственным для христианина.
Когда началось восстание, Лютер путешествовал по стране и, рискуя собственной жизнью, проповедовал ненасилие. Потрясенный новостями о резне в Вайнсберге, где под звуки труб крестьяне подняли на копья графа Хелфенштайна в присутствии его жены и ребенка, он написал свой самый печальный трактат «Против убийственных и грабящих орд крестьян», где назвал расправу с зачинщиками беспорядков богоугодным делом.