Исторические разыскания убедили Лютера в том, что учение о пресуществлении хлеба и вина является поздним добавлением, не подтвержденным Священным Писанием. Он считал, что в Библии говорится только об Истинном присутствии Господа, но воздержался от дальнейших разысканий, чтобы определить мистические истоки таинства.
Требуя, чтобы мессу проводили на немецком, который понимали даже невежды, Лютер допускал и богослужение на латыни в среде образованных людей. Ни Лютер, ни Меланхтон не считали, что основывают новую церковь. Они верили в то, что остаются членами католической церкви всех столетий и заняты лишь ее очищением от позднейших наслоений и явных ошибок.
Их взгляды канонизировали в исповедании веры, которое Меланхтон представил рейхстагу в Аугсбурге в 1520 году и которое вошло в историю под названием «Аугсбургское вероисповедание» (Confessio Augustino), составленное Меланхтоном и ставшее основным теоретическим документом лютеранских церквей.
В послесловии к нему Меланхтон писал, что «это почти полное изложение нашего учения. Очевидно, что ничто в нем не вступает в противоречие со Священным Писанием или учением католической (римской) церкви, в том виде, который известен нам по трудам древних авторов. Следовательно, мы будем несправедливы, если останемся на точке зрения еретиков. Наши суждения выше некоторых заблуждений, которые просочились в церковь без должного одобрения».
Какое-то время Лютер испытывал беспокойство, и многие лютеране чувствовали себя так же с тех пор, как Меланхтон озаботился установлением мирных отношений и стал говорить не столь часто, что правда исключает случайности.
Впоследствии, в латинском издании 1540 года, Меланхтон изменил учение о причащении в интересах сближения с кальвинистами, отчего получилось две редакции Аугсбургского исповедания: invariata и variata. Последняя использовалась при заключении всех религиозно-политических договоров. Аугсбургское исповедание во второй редакции было подписано Кальвином и прочими немецкими реформаторами, а потому из лютеранского исповедания веры превратилось в общепротестантское.
После Аугсбургского вероисповедания Меланхтон составил «Апологию», занявшую свое место среди лютеранских норм веры. Союз двух мыслителей, Лютера и Меланхтона, совместно организовавших лютеранскую реформу, интересен для изучения, поскольку они сыграли в ней вовсе не одинаковую роль.
В ходе их рассуждений страстность и нетерпимость одного уравновешивалась спокойствием другого, пастырская душа Лютера, ставшего апостолом бедных, корреспондировала отточенной учености Меланхтона, считавшегося апостолом учености.
Пилигрим, двигающийся к Господу, продираясь сквозь сонмища демонов и искушения, сравнивался с современным искателем истины. Грубые крестьянские манеры сопоставлялись с этикетностью. Храбрость с застенчивостью. Стояние за истину через падение церкви соотносилось с разумным мыслителем, готовым встретиться с оппонентом, если удастся, на полпути. Враг Эразма сравнивался с его другом.
И Лютер и Меланхтон находили свой союз запутанным и болезненным. После смерти Лютера (1546) разногласия между мастером и учеником стали проблемой, порождавшей споры и разделявшей преданных. Пока Лютер был жив, они хвалили друг друга. Увидев ошибки Лютера и сожалея о них, Меланхтон восхищался ими со страданием и в то же время отдавал должное Лютеру как восстановителю истины в церкви.
Уважение Меланхтоном традиций и власти устраивало внутренне консервативного Лютера, его позиция подпитывала учение, поддерживая систематическое богословское образование («Книга согласия», 1521, переработана в последующих изданиях) как идеальную форму для университетов, дававшую успокоение духа.
На фресках, находящихся в церкви Святой Девы в Пирне, святой Лука изображен с лицом Лютера, святой Марк — с лицом Меланхтона.
Позорные пятна, которые веками пытались искоренить добрые люди, не могли исчезнуть сразу. Невежественных людей нельзя было обучить грамоте за один день, тупых или безнравственных священников реформировать или просто сместить. Кроме того, не существовало организации, которая могла бы вести подобную работу.
Епископы, следившие за соблюдением порядка служб в своих епархиях, не могли контролировать нравственность духовенства. В лютеранских государствах и городах такое наблюдение прекратилось, хотя в ряде мест и на некоторых территориях епископы по-прежнему пытались осуществлять свои функции.
Некоторые, такие как епископ Земланда, активно способствовали введению реформированного вероучения и новых священников. Однако внутренний порядок в приходах практически отсутствовал. Немногим были известны церковные законы. Многие реформаторские акты разрубили гордиев узел законодательных прав и привилегий.
Каждый монах, оставивший свой монастырь, всякий магистрат, запрещавший совершение частной мессы и передававший пожертвования, любой реформатор, прогонявший некомпетентного священника из прихода, вбивал новый гвоздь в гроб существовавшей законодательной системы.