Личная жизнь Кальвина сложилась не очень благоприятно. Он жил в небольшом скромном домике на Рю-де-Шануа, получая небольшое жалованье. Непрерывная напряженная работа и жизненные перипетии подорвали его здоровье. В последние годы он часто болел. В 1540 году Кальвин женился в Страсбурге на вдове бывшего анабаптиста, перешедшего на его сторону, Иделетте Штордер. Она была бедна и вместо приданого принесла лишь трех своих детей от первого брака. Дети, которые рождались у четы, умирали в первые же месяцы. В апреле 1549 года Иделетта умирает. С тех пор Кальвин живет замкнуто и одиноко, питается самой простой пищей. Все время он отдавал работе, прерываясь лишь на немногие часы сна. Он редко улыбался и был начисто лишен лютеровского задора и жизнелюбия. Но это были не запреты, а лишь железная выдержка.
Приняв решение, он никогда не отступал. «Если он ударит, — сказал однажды его друг священник, — то нет шансов уцелеть». Однажды некий Амье, продавец игрушек и игральных карт, чей бизнес попал под запрет карточных игр, сказал за обедом, что Кальвин — дурной человек и проповедует ложное учение.
Городской совет постановил, что Амье должен принести публичные извинения, встав на колени перед Кальвином. Но тот настаивал, что такое извинение недостаточно, и пригрозил своим уходом. Тогда совет постановил, что Амье должен пройти по городу в одной рубахе, со свечой в руке и вымаливать прощение у Господа.
Можно сказать, что Кальвин сдерживался там, где Лютер переходил через край, не допускал грубостей, которые иногда проскальзывали у Лютера, хотя ему и не хватало лютеровской теплоты и великодушия.
Вместе с тем Кальвин не оставлял оппоненту места для маневра. В отличие от Лютера, который проклинал оппонентов, и Цвингли, который мог их оскорбить, Кальвин признавал аргументы спорящих с ним и считал, что их необходимо опровергнуть. Жесткость, которой проникнуты его работы, основана на убежденности в силе своих логических построений и силе разума, как в теоретических, так и в практических вопросах. Но абстрактные рассуждения не всегда доходят до сознания. Поэтому даже в последней редакции «Наставления» Кальвина менее логически последовательны, чем принято считать. Их внутренняя связность определяется не жесткостью аргументации, а прежде всего ясностью изложения и отточенностью языка.
Кальвин был достаточно замкнутым, даже скрытным человеком, не допускавшим в свой внутренний мир даже ближайших друзей, в отличие от Лютера, полностью раскрывшегося в «Застольных беседах». Постоянно погруженный в книги, Кальвин не замечал окружающего мира и его красот. Но на самом деле он просто сдерживал свои чувства, которые ясно видны в той нежности, с которой Кальвин пишет Фарелю о смерти своей жены Иделетты.
На первый взгляд удивительно, что он смог управлять городом, гражданином которого не являлся до 1559 года и где он никогда не пытался завоевать расположение населения. Его реформы вызывали сильную оппозицию, с которой покончили лишь в 1555 году. В 1548 году Кальвина вызвали в магистрат для объяснений по поводу перехвата писем и так порицали, что он собрался снова покинуть город. Его сторонники стали называть оппозицию либертинцами, но вся их оппозиционность заключалась в несогласии с Кальвином.
В 1553 году в Женеве по обвинению в антитринитаризме сожгли испанца Сервета, и этот приговор потряс даже радикальных протестантов. Выступая против чрезмерной жестокости сожжений, Кальвин стремился сделать казнь более милосердной, но оставался столь же непримиримым к еретикам. Иногда это оборачивалось против него.
Когда Бертелье, один из членов группы либертинцев, отлученный от церкви, два дня спустя попросил городской совет, а не консисторию (то есть светские, а не духовные власти) разрешить ему причаститься и получил разрешение, то Кальвин публично заявил с кафедры, что отказался бы причащать отлученного. Он ожидал, что с ним согласятся, и даже приготовил особую проповедь по этому поводу.
Городской совет заявил, что он должен выполнить постановление, но проницательно посоветовал Бертелье не присутствовать на службе. Противостояние продолжалось до 1555 года, когда, наконец, были поддержаны предложения Кальвина, и лидеры либертинцев перебрались в Берн. Теперь Кальвин оказался в безопасности.
Ему помогло то обстоятельство, что Женева продолжала оставаться естественным убежищем для французских протестантов, бежавших от преследований. Французские протестанты смотрели на Женеву как на руководящий орган, и многие беженцы, прибывавшие в Женеву, поддерживали Кальвина. В 1546 году ни один из тринадцати священников-пасторов не являлся по своему происхождению женевцем. «До свидания, Женева, — сказал один из людей, ненавидевших Кальвина. — В конце концов ее гражданином станет и король Франции».