Сегодня мы настолько неопределенны и разнообразны в своих взглядах на происхождение и судьбу мира и человека, что в большинстве стран перестали наказывать людей за то, что они отличаются от нас в своих религиозных убеждениях. Наша нынешняя нетерпимость относится скорее к тем, кто ставит под сомнение наши экономические или политические принципы, и мы объясняем свой испуганный догматизм тем, что любое сомнение, брошенное на эти заветные предположения, ставит под угрозу нашу национальную солидарность и выживание. До середины XVII века христиане, иудеи и мусульмане относились к религии гораздо острее, чем мы сегодня; их теологии были их самым ценным и уверенным достоянием; и они смотрели на тех, кто отвергал эти вероучения, как на посягающих на основы общественного порядка и само значение человеческой жизни. Каждая группа, ожесточившись от уверенности, стала нетерпимой и клеймила других как неверных.
Инквизиция с наибольшей готовностью развивалась среди людей, чьи религиозные догматы были в наименьшей степени подвержены влиянию образования и путешествий, а разум в наибольшей степени зависел от обычаев и воображения. Почти все средневековые христиане, благодаря детскому воспитанию и окружению, верили, что Библия в каждом слове продиктована Богом и что Сын Божий непосредственно основал христианскую церковь. Из этих предпосылок следовало, что Бог желает, чтобы все народы были христианскими, и что исповедование нехристианских, а тем более антихристианских религий должно быть грубым оскорблением Божества. Более того, поскольку любая существенная ересь должна заслуживать вечного наказания, ее обвинители могли верить (и многие, похоже, искренне верили), что, уничтожая еретика, они спасают его потенциальных новообращенных, а возможно, и его самого от вечного ада.
Вероятно, Изабелла, жившая в окружении богословов, разделяла эти взгляды. Фердинанд, будучи закаленным человеком мира, возможно, сомневался в некоторых из них; но он, очевидно, был убежден, что единообразие религиозных убеждений облегчит управление Испанией и сделает ее сильнее для нанесения ударов врагам. По его просьбе и по просьбе Изабеллы папа Сикст IV издал буллу (1 ноября 1478 года), разрешающую им назначить шесть священников, имеющих ученые степени по теологии и каноническому праву, в качестве инквизиторской коллегии для расследования и наказания ереси. Примечательной особенностью этой буллы было наделение испанских государей правом назначать инквизиторов, которые в более ранних формах инквизиции выбирались главами провинций доминиканского или францисканского орденов. Здесь на протяжении трех поколений, как и в протестантской Германии и Англии в следующем веке, религия стала подчиняться государству. Формально, однако, инквизиторы только назначались государями, а затем назначались папой; власть инквизиторов проистекала из этой папской санкции; учреждение оставалось церковным, органом церкви, которая была органом государства. Правительство должно было оплачивать расходы и получать чистый доход инквизиции. Государи тщательно следили за ее деятельностью, и на их решения можно было подавать апелляции. Из всех инструментов правления Фердинанда этот стал его любимым. Его мотивы не были в первую очередь финансовыми: он получал прибыль от конфискованного имущества осужденных, но отказывался от заманчивых взяток от богатых жертв, чтобы отменить решение инквизиторов. Его целью было объединение Испании.
Инквизиторы имели право нанимать церковных и светских помощников в качестве следователей и исполнительных чиновников. После 1483 года вся организация была подчинена правительственному учреждению, Консехо де ла Супрема и Генеральная инквизиция, обычно называемому Супрема. Юрисдикция инквизиции распространялась на всех христиан Испании; она не трогала необращенных евреев и мавров; ее ужасы были направлены на новообращенных, подозреваемых в рецидиве иудаизма или магометанства, и на христиан, обвиненных в ереси; до 1492 года некрещеный еврей был в большей безопасности, чем крещеный. Священники, монахи и монахини требовали освобождения от инквизиции, но их требования были отвергнуты; иезуиты сопротивлялись ее юрисдикции в течение полувека, но и они были побеждены. Единственным ограничением власти супремы была власть государей, но в последующие века даже она была проигнорирована. Инквизиция требовала и обычно получала сотрудничество от всех светских чиновников.