В январе 1808 года, в 39 лет, Аракчеев был назначен Александром I военным министром. Служивший в экспедиции военного министерства В. Р. Марченко отмечает заслуги Аракчеева: “Самовластием беспредельным и строгостью, сделал он много хорошего: восстановил дисциплину, сформировал заново, можно сказать, армию, расстроенную неудачами 1805 и 1807 годов…”. В этот период Россия почти непрерывно воевала. По признанию военных историков, успеху русских в войне 1808–1809 годов со шведами (одна из главных репетиций перед Отечественной войной) много способствовала выпестованная Аракчеевым артиллерия. О неизбежной большой войны с Францией в России начали говорить с 1807 года. По линии военного министерства в 1808 году Аракчеев осуществил увеличение численности армии на 30 000 человек, создал учебные части, организовал запасные рекрутские депо, на базе которых в войну 1812 года будут готовиться резервные армии.