Наиболее отчетливо классовые корни видны в ереси донатистов (по имени епископа Доната), распространившейся преимущественно в Северной Африке в IV в. Донатисты восставали против всяких компромиссов с государственной властью, не признавали епископов и священников, чем-либо запятнавших себя, хотя бы и в личной жизни. По мере обострения кризиса рабовладельческой Римской империи движение донатистов к концу IV в. (когда уже христианская церковь стала господствующей в империи) приняло форму открытого восстания бедноты против богатых: это известное движение агонистиков (Христовых воинов), или циркумцеллионов, которые с оружием в руках громили имения богачей. Правительству с трудом удалось подавить движение; однако донатистские общины в некоторых районах Северной Африки сохранялись до самого мусульманского завоевания (VII в.).
Но если донатисты-агонистики по догматическим вопросам почти не расходились с господствующим вероучением и глубокого раскола в церкви их движение не породило, то иначе получилось с ересью Ария, самым крупным оппозиционным движением в церкви IV в., уже после превращения ее в господствующую. Главным очагом арианства был Египет, особенно Александрия, где очень крепки были эллинистические традиции. Арий был священником в Александрии. Он пытался смягчить догматическую нелепость церковного учения о богочеловеке, сделать его более приемлемым для людей, привыкших мыслить. По утверждению Ария, Иисус Христос не был рожден богом, а создан им; следовательно, он не "единосущен" богу-отцу, а "подобносущен" ему. Разница между этими двумя словами по-гречески выражалась в одной букве "ι": "ομοιουσιος" и "ομοουσιος", но эта разница казалась тогда чрезвычайно важной: ведь речь шла о природе Иисуса Христа — спасителя, а это была основа основ христианского вероучения. Вокруг проповеди Ария загорелись жаркие споры. Ария поддерживали широкие массы населения Египта, особенно Александрии, и дело доходило до уличных схваток. За этим, конечно, крылись политические мотивы: нежелание жителей Египта терпеть централизаторскую политику империи. Но как раз для императора всего важнее было тогда сохранить единство государства. Император Константин, хотя он сам и не был еще тогда христианином, принял энергичные меры для преодоления раскола. Он созвал по этому поводу вселенский собор духовенства (1-й вселенский собор 325 г. в г. Никее). Ересь Ария была осуждена, и сам Арий с того времени считается в ортодоксальной церкви самым ужасным еретиком и грешником.
Однако арианство еще долго существовало. Оно распространилось и за пределами империи, его приняли готы, вандалы, лангобарды, позже, правда, перешедшие в католичество.
Арианство было разгромлено, но вскоре появилось близкое к нему учение Нестория (епископа Константинопольского). Несторий учил, что Иисус Христос был человеком, который лишь внешним образом соединился со вторым лицом троицы — богом-сыном, и что поэтому деву Марию следует называть не богородицей, а человекородицей или христородицей.
Ересь Нестория обсуждалась на 3-м Эфесском вселенском соборе (431 г.). Несторианство было осуждено. Однако оно имело очень сильное влияние на Востоке, где издавна господствовали дуалистические религии. На Востоке оно как самостоятельная религия удержалось на продолжительное время, оно играло крупную роль в средневековой Центральной Азии и сохраняется доныне у отдельных мелких народностей (айсоры, марониты в Ливане, "сирийские христиане" в Южной Индии).
В борьбе с арианством и несторианством в IV-V вв. появилось противоположное течение по тому же вопросу о природе Иисуса Христа. Представители этого направления учили, что Иисус Христос не был в сущности человеком, что в нем божеская природа настолько подавила человеческую, что Иисус Христос был в самом полном смысле богом. В нем было не две, а одна природа — божеская. Это учение об "одной природе" Иисуса Христа дало начало монофизитской (от греческого μονος — один, φυσις — природа) секте, основанной епископом Евтихием. Она получила широкое влияние в Восточно-Римской империи в V в. Несмотря на осуждение ее 4-м вселенским Халкедонским собором (451 г.), она укрепилась в целом ряде стран. В этом проявилась борьба этих стран за церковную и политическую независимость от Византии. Армянская церковь, а также копты и абиссинцы (эфиопы) доныне придерживаются монофизитства.
Противоречивость христианской догматики и этики