В историю военно-морского флота России была вписана далеко не лучшая ее страница. Впрочем, комиссия, расследовавшая обстоятельства провала операции, не предъявила никаких обвинений Раскольникову по поводу сдачи кораблей в плен.
Через две недели после возвращения в Советскую Республику Раскольников назначен командующим Астрахано-Каспийской флотилией в крайне тяжелое для нее время. Весною 1919 года Волга была перерезана неприятелем в нескольких местах и, по образному выражению одного из участников событий, «превратилась прямо в слоеный пирог». Неспокойно было и в самой Астрахани, где размещалась главная база флотилии. В марте белогвардейцы подняли в городе мятеж, попытавшись захватить боевые корабли, но военные моряки подавили его. В мае войска Деникина вышли к Царицыну и на дальние подступы к Астрахани. С другой стороны на город нацелилась отдельная Уральская армия, а с Каспия угрожали корабли вражеского флота. 21 мая в Тюб-Караганском заливе суда противника внезапно напали на группу кораблей флотилии, стоявших на рейде у форта Александровский, и почти всю ее уничтожили. С этого времени начались частые бомбежки Астрахани вражескими самолетами, вылетавшими с острова Чечень, где англичане оборудовали авиабазу.
Ленин был очень обеспокоен положением дел в Астраханском крае. Командированному туда чрезвычайному уполномоченному Совета Труда и Обороны А. И. Рыкову он сообщал: «На днях Раскольников и специальная комиссия выедет в Астрахань для обследования позорно-трусливого или преступного бездействия и поведения. Абсолютно все меры, чтобы не сдать Астрахань, должны быть приняты».
Командующему Морскими Силами Республики Е. А. Беренсу прибывший в Астрахань Раскольников докладывал: «Принял флотилию в расстроенном состоянии… Принимаются все меры для приведения всей флотилии в состояние боевой готовности». И действительно, реорганизация наличных сил была проведена в кратчайшие сроки. По предложению Раскольникова все корабли, действовавшие на Волге и Каспии, приказом Реввоенсовета Республики были объединены в составе образованной Волжско-Каспийской военной флотилии, в которую в августе входило 122 боевых судна, разделенных на пять отрядов. Каждый из них выполнял намеченные командующим флотилией задачи. Особенно тяжелые испытания выпали на долю Верхнеастраханского отряда, оказавшегося в осаде у Черного Яра. Эта группа кораблей под командой бывшего офицера царского флота А. К. Векмана надежно прикрыла Черный Яр артиллерийским огнем, срывая день за днем атаки белогвардейских войск.
Отличился в боях на сухопутном фронте и отряд моряков под командой И. К. Кожанова, который остановил в 20 верстах от Астрахани наступавшие части Уральско-Астраханского корпуса генерала Тетруева, а позже в отчаянной схватке захватил основную базу белоказаков на северном побережье Каспия — село Ганюшкино, где была взята в плен пятитысячная группировка противника со всей артиллерией, шестью гидросамолетами и большими обозами.
Слаженные действия всех сил флотилии, умелое руководство Раскольникова, героизм моряков помогли 11-й армии удержать охваченную эпидемией, испытывающую резкую нехватку продовольствия, медикаментов, боеприпасов, горящую от воздушных бомбежек Астрахань. В эти трудные месяцы непрерывных сражений родилась и окрепла дружба Раскольникова с Сергеем Мироновичем Кировым, возглавлявшим оборону города.
Весной 1920 года, после того как на всем своем протяжении Волга была очищена от белогвардейских войск, почти все корабли Волжско-Каспийской флотилии сосредоточились в Астрахани. Раскольников стал готовиться к выполнению новых задач — на этот раз уже целиком на морском театре действий. Но не забывает он и о своих обязанностях члена Реввоенсовета Республики, о решениях проблем по восстановлению Военно-Морских Сил страны. В РВСР рассмотрена его записка, в которой Раскольников анализирует сложившуюся ситуацию. Он справедливо полагает, что руководители белогвардейского движения, столкнувшись с перспективой ухода из всех портов на Черноморском побережье, либо потопят, либо уведут корабли за границу. В таких условиях базой для воссоздания Военно-Морских Сил страны должен стать Балтийский флот, и на восстановление его следует направить все силы и средства. По рекомендации Раскольникова командующим всеми морскими силами решено было назначить Александра Васильевича Немитца — бывшего контр-адмирала, который летом 1917 года сменил Колчака на посту командующего Черноморским флотом, а во время гражданской войны хорошо проявил себя в боях с белогвардейцами. Назначение А. В. Немитца, как показали последующие события, оказалось весьма удачным.