Но весною 1918 года создалась угроза захвата Черноморского флота — германо-австрийские войска приближались к его главной базе — Севастополю. По настоянию морской коллегии Высший военный совет направил шифрованную телеграмму о немедленной эвакуации кораблей в Новороссийск. На флоте начался разлад. Основная его часть все же выполнила приказ, а те корабли, что остались в Севастополе, были интернированы немцами. Наступление германских войск продолжалось и после занятия Крыма — высадившийся на Тамани десант теперь уже угрожал Новороссийску. 9 июня был получен германский ультиматум с требованием, чтобы к 19 июня флот вернулся в Севастополь для интернирования. Неподчинение ультиматуму грозило разрывом Брестского мира и наступлением немецкой армии на Советскую Россию. Ситуация казалась безысходной.
И тогда из Москвы были посланы в Новороссийск две радиограммы. В той, что была передана открытым текстом, говорилось о необходимости подчиниться ультиматуму, но во второй, зашифрованной, представителю морской коллегии И. И. Вахрамееву, незадолго до того командированному на Черноморский флот, содержалось предписание: корабли затопить. Однако ни ему, ни главному комиссару флота Н. П. Авилову-Глебову не удалось обеспечить выполнение этого приказа — они встретили сильнейшее сопротивление контрреволюционного офицерства, украинских буржуазных националистов, эсеров, анархистов, агитировавших против уничтожения кораблей. Кроме того, прибывший из Екатеринодара представитель Кубано-Черноморской республики заявил на митинге: «Если флот утопит свои суда, то солдаты фронта поднимут на штыки матросов».
Обстановка стала предельно угрожающей — неумолимо приближался крайний срок немецкого ультиматума, со дня на день германский десант мог двинуться от Тамани. Тогда Совнарком поручил привести в исполнение приказ об уничтожении флота находившемуся в Царицыне И. В. Сталину. Но тот в телеграмме, отправленной В. И. Ленину 15 июня, ответил, что ввиду тяжелого положения в городе он «не счел целесообразным выехать в Новороссийск, послал туда вместо себя Шляпникова, снабдив его всеми документами». Фактически Сталин уклонился от выполнения трудного и уже ставшего опасным поручения Совнаркома. Вот при таких обстоятельствах и получил Раскольников ленинское распоряжение — немедленно, экстренным поездом отправиться в Новороссийск. Вручая мандат, Ленин пожелал ему успеха.
Еще в пути уполномоченный Совета Народных Комиссаров понял, какую невероятной сложности задачу ему предстоит решить. На станции Тихорецкая, близ Ростова, командующий участком фронта жестко сказал: «Если вы потопите Черноморский флот, то я не пропущу вас обратно». В Екатеринодаре он встретил А. Г. Шляпникова, который счел нужным предупредить: «Как бы вас в Новороссийске за борт не сбросили!» Уже рядом с пунктом назначения, на станции Тоннельная, встретился с уехавшими, справедливее сказать, бежавшими из Новороссийска Вахрамеевым и Авиловым-Глебовым, которые посоветовали ему возвращаться в Москву, ибо там, куда он направляется, его обязательно расстреляют. Раскольников прекрасно понял, насколько серьезны все услышанные в пути предупреждения, но поехал дальше.
18 июня 1918 года, на рассвете, Раскольников был уже в Новороссийске, где его явно никто не ждал. В порту, увидев несколько стоявших у каменной стенки миноносцев, пошел по сходням на первый из них. Это был эсминец «Керчь». Здесь-то и произошла его встреча с человеком, с которым ему суждено было пройти впоследствии сквозь многие суровые испытания гражданской войны. Командир «Керчи» Владимир Андреевич Кукель рассказал ему о том, что минувшей ночью комфлота Тихменев, ссылаясь на результаты проведенного среди команд референдума, отдал приказ о возвращении флота в Севастополь. Доводы Тихменева были весьма шаткими — при проведенном накануне опросе 450 человек высказались за потопление кораблей, 500 — за интернирование, а тысяча опрошенных, не найдя ответа, воздержалась. Под вымпелом комфлота ушли в Севастополь линкор «Воля» и семь миноносцев (один из них команда затопила по дороге). Большинство кораблей осталось в Новороссийске, но настроение людей неустойчиво. Окончательное решение во многом зависит от позиции, которую займут моряки линкора «Свободная Россия».
И Раскольников отправился на линкор. Встретили его настороженно. О своем выступлении, переломившем настроение матросов, он впоследствии рассказал скупо, изложив кратко лишь суть рассуждений, и закончил рассказ словами: «Никаких возражений не было. За потопление поднялся лес рук. Команда приняла решение единогласно. Многие матросы при этом плакали». К решению моряков «Свободной России» присоединились и на миноносцах. В тот же день остававшиеся в Новороссийске корабли были затоплены.