Являясь заместителем председателя Госплана (в 1924―1926 гг.), Смилга был одним из творцов первого пятилетнего плана. Г. М. Кржижановский не раз отмечал, что его главным помощником в этом деле по Госплану были И. Т. Смилга и Г. Я. Сокольников.
Примерно в эти же годы полностью развернулся и педагогический дар Ивара Тенисовича. С 1925 по 1927 год он был ректором и профессором Института народного хозяйства имени Г. В. Плеханова, подготовил до сих пор недостаточно оцененную работу, касающуюся вопросов экономики страны, — «Восстановительные процессы».
В оппозиционном движении Смилга принял особо активное участие. Его подпись стоит под всеми основными документами оппозиции, включая и обращение к XV съезду партии. Решением этого же съезда в числе других активных деятелей оппозиции он был исключен из партии. Было принято решение о высылке Смилги. В конечном счете местом пребывания избрали сибирское село Колпашево.
9 июня 1927 года Смилгу провожали в ссылку на Ярославском вокзале. Собралось более 1,5 тысячи человек. Около девяти часов вечера подъехали машины, из которых вышли Смилга, Троцкий, Зиновьев. Их встретили криками «Ура!», пением «Интернационала». В зале ожидания Смилга выступил с краткой речью. Отметив, что страна переживает тяжелое время, он призвал собравшихся быть ленинцами и заявил, что надеется в более трудную минуту оказаться нужным партии и стране.
Несколько слов сказал Л. Д. Троцкий. Он начал с того же, что и Смилга: «Тяжелое время, тревожные дни». Говорил немного и сдержанно, призвав всех к спокойствию.
Из зала на перрон Смилгу вынесли на руках. У вагона многие просили выступить Зиновьева, но он отказался. Когда поезд тронулся, Смилга, пока его было видно, прощально махал кепкой.
Пребывание вне партии тяготило Смилгу. В 1929 году он вступил в переписку с также исключенным из партии и сосланным Карлом Радеком, критически оценивая платформу оппозиции и нащупывая пути возвращения в ряды партии, которой была отдана вся жизнь. Переписка стала известна Центральной контрольной комиссии. Смилга, Радек, а также Преображенский были вызваны в Москву. После переговоров в ЦКК в июле 1929 года в прессе было опубликовано заявление в ЦК и ЦКК ВКП(б) за подписью И. Т. Смилги, К. Б. Радека и Е. А. Преображенского об их отходе от оппозиции и разрыве с троцкизмом. В начале 1930 года И. Т. Смилга был восстановлен в рядах ВКП(б). Примерно с этого же времени получил назначение на должность заместителя мобилизационного управления ВСНХ.
Нагрузка была явно несравнима с прежними, и Ивар Тенисович параллельно стал активно заниматься литературной деятельностью. В издательстве «Академия» был редактором отдела зарубежных мемуаров, готовил к печати мемуары Сен-Симона. С предисловием Смилги вышли: «Похвала глупости» Эразма Роттердамского, «Переписка братьев Кропоткиных», «Посмертные записки Пиквикского клуба» Ч. Диккенса.
В декабре 1934 года, глубоко потрясенный убийством С. М. Кирова, И. Т. Смилга пишет в «Известия» некролог о нем — «Памяти соратника». Но газета некролога не поместила: в ночь с 1 на 2 января 1935 года Ивар Тенисович был арестован. В мае 1936 года его жена Надежда Васильевна Полуян, жизнь и судьба которой заслуживает особого рассказа, имела последнее свидание с мужем, который в то время находился в Верхнеуральском политизоляторе. 1 июня 1936 года была арестована и сама Н. В. Полуян, член партии с 1915 года, одна из тех, кому было доверено поддерживать связь с В. И. Лениным в грозные июльские дни 1917 года. Кстати, три ее брата, коммунисты Ян, Дмитрий, Николай, известные партийные и государственные деятели, также были репрессированы и пали жертвой лжи и клеветы. Надежда Васильевна, осужденная на «10 лет лагерей строгого режима без права переписки», так и погибла, не узнав ни о собственной реабилитации, ни о посмертном восстановлении честного имени мужа.
В январе 1961 года, когда имя Смилги находилось еще под запретом, дочь его, Татьяна Иваровна, по совету М. В. Фофановой обратилась к Надежде Кондратьевне Емельяновой в Разлив с просьбой рассказать что-нибудь о матери, с которой Емельяновы, скрывавшие Владимира Ильича в июльские дни 1917-го, встречались не только в предреволюционное время. Как известно, репрессии 30-х годов не обошли и эту рабочую семью, по праву вошедшую в нашу историю. Закончить статью об И. Т. Смилге хотелось бы письмом, которое получила в ответ на свое обращение Татьяна Иваровна. Писал ей Александр Николаевич Емельянов, один из оставшихся в живых мальчишек, которых отец иногда брал к ленинскому шалашу. Особую значимость письму придавал обратный адрес: Ленинград, Разлив, ул. Емельянова, 3, — Емельянову. И то, что он не побоялся и в то время писать о ее не реабилитированных еще родителях, дочери Ивара Тенисовича давало силы, уверенность в неизбежности торжества правды и глубокое уважение к партии, в рядах которой есть такие люди, как Фофанова, Емельянов и многие, многие другие — далекие и близкие, — протянувшие руку помощи и поддержки.