В декабре 1918 года Смирнов вошел в состав Сибирского бюро ЦК РКП(б), созданного специально для руководства партийным подпольем в тылу Колчака. Вместе с Ф. И. Голощекиным он руководил связными, ответственными организаторами, действовавшими в то время на Урале и в Сибири. Сохранившиеся документы — телеграммы В. И. Ленина и Я. М. Свердлова Смирнову, ответы Смирнова, его воспоминания — дают впечатляющую картину деятельности Сибирского бюро ЦК в 1919―1920 годах.
В своих воспоминаниях Смирнов, рассказывая о работе Сиббюро, о людях, трудностях работы в тылу врага, замечал: «О работе Сиббюро колчаковский штаб узнал очень скоро. Случилось это, как всегда бывает в таких случаях, вследствие провокации». В числе провокаторов он назвал венгерского инженера Садке, позже умершего в тюремной больнице от тифа. «Немало прошло мимо нас в эпоху гражданской войны авантюристов и двурушников, — писал он, — но такого смелого и ловкого, умевшего обойти очень опытных и искушенных партийных работников, я больше не встречал».[185]
Переписка Смирнова с Оргбюро ЦК и Я. М. Свердловым зимой 1919 года полна сведений о связных, о поступавших деньгах для организации подпольной работы в Сибири. В одном из отчетов Сиббюро ЦК РКП(б) Смирнов писал о том, что до марта 1919 года работа сводилась к установлению связи с сибирскими партийными организациями, к посылке туда работников и денег. «Должен сказать, — отмечал он, — что установить постоянную твердую связь с сибирским центром нам не удалось. Ни от одного из посланных нами товарищей мы не получили сообщений о его благополучном переходе, кроме тех рабочих, которые были посланы нами на Миньярский завод… С оставлением Уфы работники Сибирского бюро отошли вместе с армией к Белебею, здесь нами была получена телеграмма Троцкого о том, что в ЦК партии было принято решение всех работников бюро влить в армию, впредь до изменения положения на фронте, когда бюро может возобновить свою деятельность. На основании этой телеграммы все товарищи, как находящиеся в армии, так и в командировках, были вызваны и распределены на ответственные функции в 5-й армии».
Работа Сибирского бюро была временно приостановлена, Смирнов стал членом РВС 5-й армии. И тогда же, в феврале — начале марта 1919-го, вместе с И. П. Павлуновским, начальником особого отдела ВЧК 5-й армии, вел переговоры с комиссаром Кронштадта об организации из матросов лыжного отряда для боевой и партийно-политической работы в колчаковском тылу.
В марте 1919 года на VIII съезде партии Смирнов был избран кандидатом в члены ЦК РКП (б). Вместе с 5-й армией начал путь в Сибирь с освобождения от колчаковцев Поволжья и Урала. Ему пришлось тогда многое сделать для укрепления дисциплины в армии, поднятия ее боеспособности. На это обстоятельство обращал внимание Троцкий, когда в марте 1919 года писал в ЦК партии о важности жестких мер в армии для ее укрепления, как это было в Казани «в самый тяжкий момент Советской власти», и сейчас «добрейшему, мягчайшему Ивану Никитичу Смирнову не пришлось бы применять ныне тех суровых репрессий, к каким он вынужден прибегать».
11 мая 1919 года Ленин телеграфировал Смирнову, запрашивая о принятых мерах «для ускорения наступления и закрепления победы» на Восточном фронте. В июле Ленин получил телеграмму Смирнова из Уфы в трофеях, захваченных 27-й дивизией 5-й армии при разгроме Колчака под Челябинском, и, отвечая ему, предложил отправить весь захваченный хлеб в Москву, в адрес Наркомпрода. В октябре Ленин, получив телеграмму Смирнова с информацией о положении в Сибири и на Восточном фронте, пишет в ответ свои предложения по плану наступления на Восточном фронте, о снабжении обмундированием вновь мобилизуемых частей, предлагает поручить главкому рассмотреть и обсудить эти предложения.
В связи с решительным наступлением Красной Армии и разгромом белогвардейцев Колчака в Поволжье и Приуралье в июне 1919 года в полном объеме возобновилась деятельность Сибирского бюро ЦК. И. Н. Смирнов был его председателем, Ф. И. Голощекин — заместителем, Гончарова Д. К. — секретарем. В июне 1919 года бюро находилось в Уфе. Оно установило постоянные связи с большевистскими организациями Сибири, посылало к ним связных и деньги, добровольческие небольшие отряды. В конце июля Сиббюро переехало в Челябинск. Связные Сиббюро переправили через линию фронта около 4 миллионов рублей на организацию революционной борьбы. В конце августа ВЦИК, учитывая начавшееся освобождение Сибири, создал Сибирский революционный комитет. В него вошли В. М. Косарев, И. Н. Смирнов и М. И. Фрумкин. Вскоре и Сиббюро стало работать под новым названием — Областное бюро РКП(б). В апреле 1920 года в партийных организациях Сибири было примерно 45 тысяч членов партии и ей сочувствующих. Строительством партийных организаций Сибири занимался тогда Смирнов.