Смирнов в течение 1919 года выполнял огромную работу как член РВСР, РВС 5-й армии, руководитель Сиббюро, а затем Сибирского ревкома. Наверное, потому его телеграммы Ленину полны сведений о военных действиях, а Ленин, обращаясь к нему, писал о важности переброски частей с Восточного на Южный фронт, где тогда обострилась деникинская опасность.
В ноябре 1919 года Ленин ознакомился с докладной запиской Смирнова о состоянии 5-й армии перед зимней кампанией. Одну из фраз он подчеркнул: «Иртыш является последним опорным пунктом Колчака, после чего его государство и армия должны распасться. Задачу уничтожения остатков колчаковщины может выполнить небольшая 4―5 дивизий армия, навербованная из местных крестьян». В ноябре председатель Сибревкома Смирнов докладывал Ленину из Омска о разгроме армии Колчака, о захваченных пленных и трофеях, просил прислать денег для восстановления хозяйственной жизни, прислать партийно-советских работников. В декабре Ленин читает докладную записку Смирнова о положении в Сибири, где содержится характеристика положения Восточной Сибири, создавшегося в результате окончательного разгрома колчаковских войск в районе между реками Тобол и Ишим, рассказывается о партизанском движении и мерах по усилению политической работы среди красноармейцев 5-й армии Восточного фронта, о формировании национальных частей и вновь содержится просьба прислать партийных и хозяйственных работников. В декабре Ленин телеграммой поздравляет Смирнова с освобождением Новониколаевска, требует принять меры к взятию в целости шахт Кузбасса.
В начале 1920 года в связи с разгромом основных колчаковских сил и освобождением Западной Сибири главным в работе Сибревкома стала задача по организации управления краем. В первых числах января Смирнов сообщал Ленину, что рабочие освобожденного Кузбасса взяты Красной Армией на все виды довольствия, кроме денежного. На Судженских и Анжерских копях работает 8 тысяч человек. Смирнов даже просил тогда отозвать его из РВС армии для сосредоточения усилий на работе в Сибревкоме. Была увеличена численность реввоенсовета армии, а Смирнову поручено отвечать за согласование деятельности военных и гражданских властей. С такой большой работой, по его собственному признанию, он не всегда справлялся. Учитывая сложную ситуацию в Сибири, протестовал в январе 1920 года против распоряжения ВЧК о переезде Особого отдела Восточного фронта в Москву. Смирнов просил направить в Сибирь Я. X. Петерса. Заместитель начальника Особого отдела ВЧК И. П. Павлуновский отменил распоряжение о переезде фронтовых особистов в Москву и приказом Ф. Э. Дзержинского сам был назначен полномочным представителем ВЧК в Сибири.
В январе — марте 1920 года Смирнов участвует в переговорах с эсеро-меньшевистским Политцентром вначале о сдаче им власти Иркутскому ревкому, а затем об образовании буферного государства в Восточной Сибири. Переговоры начались в Омске, затем велись в Красноярске и закончились в Иркутске. Меньшевики и эсеры предлагали создать буферное государство на началах: 1) мира с Советской Россией, 2) борьбы с интервенцией, 3) формирования власти на основе устранения цензовых элементов и создания социалистической коалиции от эсеров до большевиков включительно. Они настаивали на том, чтобы центром такого государства явился Иркутск. Большевики же высказывались за то, чтобы буферное государство было создано восточнее Иркутска: от Байкала до Владивостока. Представители мелкобуржуазных партий настаивали на своих условиях.
В ответ на это Ленин 9 марта по поручению Политбюро ЦК ВКП(б) телеграфировал Смирнову:
«Никаких условий с эсерами и меньшевиками: либо подчиняются нам без всяких условий, либо будут арестованы».[186]
В марте 1920 года Смирнов — делегат IX съезда партии. Тогда же в Москве он обсуждал вопрос о расширении прав и состава Сибревкома. В результате Сибревком сосредоточил в своих руках руководство всеми военными и гражданскими делами. Смирнов играл важную роль в Сибревкоме. Когда он с середины января до середины марта 1920 года вынужден был отсутствовать на его заседаниях и заниматься по поручению правительства преимущественно дальневосточными делами, не входившими в компетенцию Сибревкома, деятельность последнего сразу же стала менее эффективной. Это не ускользнуло от внимания Ленина. 4 марта 1920 года Ленин потребовал от Троцкого вернуть Смирнова «к мирному строительству, оторвав от дипломатических, пограничных и военных дел».