Аралов вспоминал, как Ленин вызывал его в кабинет для доклада у карты обстановки на фронтах, требовал самых подробных объяснений и успехов и неудач. Он превосходно знал военную обстановку, отчетливо представлял дислокацию частей, помнил командиров и комиссаров. «Ленин учил нас прислушиваться к суждениям командиров и красноармейцев, не отрываться от боевых частей и отрядов, — писал Аралов. — Теперь, говорил он, много инициативных солдат, без инициативы и успех невозможен. Беседовать с ними, считаться с их мнением архиважно. Ленин требовал от нас вести самую беспощадную борьбу с расхлябанностью».
Оперативный отдел Наркомвоена решал все вопросы оперативной деятельности Восточного фронта и активно помогал складывающемуся Южному фронту. Но существующая в это время децентрализация в военном ведомстве очень осложняла и затрудняла работу — руководство войсками пытались также осуществлять оперативное управление Всероссийского Главного штаба и Высшая военная инспекция. Этот параллелизм постоянно вносил путаницу. И не случайно возник вопрос о создании единого центра оперативного руководства войсками.
Этот вопрос поставил Н. И. Подвойский. 27 августа 1918 года он телеграфировал в Совнарком, ВЦИК, Наркомвоен и Высший военный совет, что объединение командования всеми Вооруженными Силами Республики в самостоятельном органе «не только настоятельно необходимо, но и в случае промедления смерти подобно». Он предложил организовать Ставку Верховного командования, а до ее сформирования управление всеми вооруженными силами и снабжение войск всем необходимым передать Высшему военному совету, соединив его с оперативным отделом Наркомвоена. Ставке же дать широкие полномочия и ответственность ее установить только перед Совнаркомом.
С. И. Аралов, как начальник оперода, принял участие в обсуждении вопроса о руководстве Вооруженными Силами Республики. Сначала он также высказался за организацию Ставки. Но, прочитав проект Подвойского, предложил свой вариант. В телеграмме В. И. Ленину, Я. М. Свердлову, Н. И. Подвойскому, Э. М. Склянскому и И. И. Вацетису в тот же день, 27 августа, Аралов писал: «Оперод считает, что передача Высшего военного совета в его полном составе со всеми отделами в распоряжение главкома Вацетиса дает возможность организовать Ставку быстро, без всяких трений и пертурбаций. При такой передаче выиграет и дело снабжения. Что касается создания особого военного аппарата, подчиненного Совету Народных Комиссаров, то этот вопрос настолько серьезен и сложен, что к решению его подойти сразу невозможно».
Советское правительство, создавая высший военный оперативный центр, отклонило предложение именовать его «Ставка» и, беря в основу идею создания революционных военных советов в армиях, назвало высший военный орган «Революционный военный совет Республики (РВСР)». Он был образован 6 сентября на основании постановления ВЦИК.
Все военные ведомства и учреждения подчинялись Реввоенсовету Республики — высшему коллегиальному органу управления Красной Армией и Флотом. Руководство боевыми операциями на фронтах осуществлял Полевой штаб Реввоенсовета, в который влился на основании приказа РВСР оперод.
8 октября 1918 года Совет Народных Комиссаров утвердил Семена Ивановича Аралова членом Реввоенсовета Республики. Он возглавил Оперативное управление, преобразованное из оперативного отдела Наркомвоена. В первое время ему был подчинен и военно-политический отдел Реввоенсовета. 9 октября постановлением Реввоенсовета Республики С. И. Аралов был утвержден членом Военно-революционного трибунала при РВСР.
24 октября приказом Реввоенсовета Республики член РВСР С. И. Аралов был назначен комиссаром Полевого штаба, а 28 октября приказом № 39 по Полевому штабу было объявлено о его вступлении в должность военкома. Это означало, что и здесь решение всех оперативных вопросов должно проходить при непосредственном участии С. И. Аралова: все директивы Главного командования, все доклады в правительство о положении на фронтах гражданской войны составлялись при его участии, его подписью скреплялись все документы Полевого штаба.
Аралову, как члену РВСР, часто приходилось выезжать в действующую армию — на Восточный, Южный, Западный фронты, в Петроград, Двинск, Архангельск. Иногда поездки были совместные с председателем РВСР Л. Д. Троцким или начальником Полевого штаба Ф. В. Костяевым.
В беседе с корреспондентом газеты «Известия» член РВСР С. И. Аралов так оценил значение этих поездок по фронтам:
«…Очень большую роль в создании Красной Армии сыграл Троцкий своими объездами фронта, налаживанием связи центра с местами, указаниями центру на слабые места фронта. Где бы ни появлялся тов. Троцкий, положение немедленно изменялось к лучшему, и нередки были случаи, когда благодаря его присутствию мы переходили от поражений к победам. Много посодействовал тов. Троцкий устойчивости нашей армии, ее революционности, ее живой и тесной связи с рабоче-крестьянскими массами».[104]