Весна 1919 года ознаменовалась особенно тяжелыми боями. Новое наступление объединенных сил Антанты и белогвардейцев было предпринято одновременно на всех фронтах. Колчак пытался соединиться с Деникиным, который начал форсированное наступление. Петрограду угрожал Юденич. Создалось чрезвычайно опасное положение для Страны Советов. Необходимо было превратить страну в единый военный лагерь, в котором военный союз советских республик создал бы возможность централизованного использования вооруженных сил, людских и материальных ресурсов. Для этого пришлось срочно решать многие новые проблемы. Например, не было единства в формировании воинских частей в республиках. Так, на Украине на основе утвержденных Реввоенсоветом Республики штатов формировались только полевые войска, а все прочие части — по своим особым штатам (Наркомвоен Украины разработал и ввел 46 особых штатов).
Такая пестрота формирований частей Красной Армии, создаваемых в советских республиках, затрудняла оперативное руководство боевой деятельностью войск. Мобилизации, не проведенные своевременно на Украине, в Латвии и в Литовско-Белорусской республике, оставили большие участки фронта без необходимых людских ресурсов. Время было упущено, и армии этих республик вынуждены были оставить врагу большую часть освобожденной территории. Наркомвоен Украины, занявшись только военно-административным строительством, не выполнил стратегическую директиву Главного командования Красной Армии о помощи Донбассу, что послужило причиной захвата его Деникиным. В связи с этим 21 апреля 1919 года на заседании Совета Рабоче-Крестьянской Обороны выступил В. И. Ленин с докладом «Об усилении работы в области военной обороны». А через два дня, 23 апреля, на заседании Политбюро ЦК РКП(б) обсуждалась проблема военного единства советских республик.
В тот же день Главнокомандующий всеми Вооруженными Силами Республики И. И. Вацетис и член Реввоенсовета С. И. Аралов направили из Серпухова В. И. Ленину доклад о необходимости создания единой военной организации советских республик. Они писали: «Противники наши сплотились, у них установилось общее командование и создано полное единоначалие в действиях. Мы же поступаем совершенно иначе: РСФСР как бы расколола свое военное единство на две половины — на западную и на восточную, в то же время раздробила также и свою боевую мощь. В западной половине РСФСР образовался ряд советских республик, принявших в настоящее время определенную физиономию сепаратной автономности в вопросах ведения войны. Эстонцы, латыши, литовцы, белорусы, украинцы создают свои армии, свои аппараты Наркомвоена, из которых каждый действует с присущей ему одному специфичностью…» Вскрыв ошибки, допущенные в советских республиках, И. И. Вацетис и С. А. Аралов пришли к выводу: «В настоящее время гражданская война выкристаллизовалась и приняла решительный характер. Остались на поле брани крайние направления: коммунистическое и монархическое. Вышеприведенное дробление вооруженных сил РСФСР на национальные армии в эту решительную минуту является во всех отношениях нецелесообразным и крайне вредным для нашего успеха».
Член РВСР Аралов к докладу сделал приписку, в которой выразил свое мнение по предложениям Вацетиса. Он возразил против его предложения о пребывании наркомвоенов в Москве и против прекращения деятельности Всевобуча, предложив сократить его численность от 50 до 75 процентов.
Реввоенсовет Республики вынес на специальное заседание 28 апреля 1919 года вопрос о создании единой военной организации и принял постановление: «Тот режим, который установлен сейчас, чрезвычайно и совершенно не оправдываемый с военной точки зрения самостоятельных соседних правительств в деле формирования, снабжения и отчасти даже оперативном отношении, является совершенно пагубным для дела обороны границ Советской Республики».
4 мая пленум ЦК РКП(б) обсудил вопрос «О едином командовании над армиями России и дружественных социалистических республик» и отметил серьезные ошибки в строительстве вооруженных сил, отсутствие единообразия военного аппарата, что привело к поражениям на фронтах. В постановлении говорилось, что «ЦК считает необходимым восстановить в области военного управления и командования строжайшее начало единства и организации и строгого централизма». Было принято предложение Вацетиса и Аралова о создании на территории республики военных округов, подчинив их Реввоенсовету Республики.