Для того чтобы выполнить указания ЦК РКП(б), нужно было проанализировать положение на фронтах на начало мая 1919 года. В связи с этим 7 мая Вацетис и Аралов представили В. И. Ленину новый доклад о мерах по укреплению фронтов. Они предложили правительству провести следующие мероприятия: объявить мобилизацию на Украине и всех мобилизованных отправить в запасные батальоны вне Украины, чтобы после подготовки пополнить ими армии Восточного, Южного и Западного фронтов; ввиду слабости командования Украинского фронта назначить командующему Антонову помощника опытного и подготовленного для выполнения стратегической, организационной и мобилизационной работы в Генеральном штабе; на Западном фронте самым решительным образом проводить принцип единоначалия военного и политического.
2 июня 1919 года на заседании Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б) обсуждались перемещения ответственных работников Полевого штаба, а 15 июня на заседании ЦК партии утверждались персональные назначения — вместо Костяева начальником штаба был назначен М. Д. Бонч-Бруевич, членом РВСР (комиссаром Полевого штаба) вместо С. И. Аралова — С. И. Гусев. Им было поручено сократить и изменить состав Реввоенсовета Республики (Ставки), базировавшегося в Серпухове.
3―4 июля ЦК вновь вернулся к вопросу о реорганизации Реввоенсовета Республики. Было решено Полевой штаб и РВСР перевести из Серпухова в Москву для более тесной связи его с Советом Обороны. Сократить состав РВСР с 15 до 6 фактически работающих человек (Л. Д. Троцкий — председатель, С. И. Гусев, И. Т. Смилга, Э. М. Склянский, А. И. Рыков — члены РВСР, главком — С. С. Каменев). Всех прежних членов РВСР, в том числе и С. И. Аралова, от звания члена РВСР освободить.
Но еще до этого 16 июня Аралов получил новое назначение — члена реввоенсовета 12-й армии.
Однако вопрос о его переводе на Украину встал значительно раньше. 17 мая 1919 года председатель РВСР Л. Д. Троцкий в телеграмме в ЦК РКП(б) из Харькова сообщал о тяжелом положении на Украинском фронте и о двух возможностях, с его точки зрения, изменить обстановку: 1) отстранить Антонова, Подвойского и Бубнова от военной работы и создать новый реввоенсовет Украины; 2) упразднить Украинский фронт. В ответ на это предложение В. И. Ленин 21 мая телеграфировал о согласии удалить Подвойского с Украины в связи с его злоупотреблениями властью и одновременно направил телеграмму в Реввоенсовет Республики, в Серпухов, И. И. Вацетису и С. И. Аралову, определив основные оперативные задачи, стоящие перед Украинским фронтом. 3 июня Л. Д. Троцкий в телефонограмме из Харькова В. И. Ленину и заместителю председателя РВСР Э. М. Склянскому настаивал на необходимости заменить украинское командование и преобразовании 2-й Украинской армии в 14-ю. 4 июня приказом РВСР был расформирован Украинский фронт и его войска сведены в 14-ю армию Южного фронта и в 12-ю армию Западного фронта. 5 июня председатель Реввоенсовета в телефонограмме из Харькова своему заместителю передал предложения утвердить в ЦК РКП(б) следующие назначения, вызванные реорганизацией Украинского фронта: РВС 14-й армии — К. Е. Ворошилов, В. И. Межлаук, С. П. Нацаренус; РВС 12-й армии — Н. Г. Семенов, С. И. Аралов, А. Я. Семашко.
Назначение было утверждено приказом Реввоенсовета Республики 19 июня 1919 года, подписанным Э. М. Склянским: «Назначить членом РВС 12-й армии С. И. Аралова с оставлением в занимаемой должности члена РВС Республики».
В воспоминаниях С. И. Аралов писал о создании 12-й армии:
«В муках и тяжелых боях родилась эта армия. С первых дней ее существования я был свидетелем того, как она мужала, росла и закалялась, приумножая свои ратные дела… Перед моим отъездом В. И. Ленин говорил мне, что самое главное, на что следует обратить внимание, — это политическая работа в войсках, борьба с партизанщиной в армии, установление железной дисциплины в частях… Кроме того, Ленин требовал проявления глубокого уважения к украинскому трудящемуся народу, смотреть за спецами, чтобы не оскорбляли своим великодержавным шовинистическим поведением украинцев, и одновременно следить за тем, чтобы националистическо-буржуазный украинский шовинизм (петлюровщина и проч.) не проник в армию. Ильич советовал научиться украинскому языку и внутреннюю переписку вести на родном для народа языке».[105]
Фронт 12-й армии был необычайно велик, и обстановка сложилась крайне тяжелая. На западе она вела бои с петлюровскими бандами и польскими частями, на востоке — с деникинцами, на юге, по побережью Черного моря, против нее стояли греческие и венгерские дивизии, на румынской границе — войска генерала Щербачева. В тылу орудовали многочисленные банды.
Как члену реввоенсовета 12-й армии С. И. Аралову приходилось воевать вместе с такими отважными командирами Красной Армии, как И. Э. Якир, Г. И. Котовский, Я. Б. Гамарник, Н. Г. Крапивянский, И. Ф. Федько, И. Н. Дубовой, Н. А. Щорс, и многими другими.