Продолжалась журналистская и исследовательская деятельность Зорге. Используя собранные в ходе поездок по странам Северной Европы материалы, он написал и опубликовал в журнале «Коммунистический Интернационал» статьи «Единство профсоюзов СССР и Скандинавии», «Борьба против принудительного арбитража в Норвегии», «Поворотный пункт в развитии норвежского рабочего движения и КПН», «Задачи норвежской КП в новый период развития (к решениям III партсъезда КПН)», подписав их псевдонимом «Р. Зонтер».
Зорге также подготовил и выпустил в гамбургско-берлинском издательстве книгу «Новый германский империализм». Этот капитальный труд содержал анализ обстановки в Германии, в нем была предсказана опасность прихода к власти нацистов, что неизбежно должно было привести к возникновению военной угрозы в Европе, а также подчеркивалась необходимость сплочения всех революционеров и коммунистов для борьбы против военной опасности. Книга, имевшая большое теоретическое и практическое значение, была также издана в Советском Союзе и Японии.
В начале 1929 года по заданию ИККИ Зорге вновь совершил две зарубежные поездки — в Норвегию и Англию. В это время в ВКП(б) развернулась борьба с «правым уклоном», в ходе которой И. Сталин резко критиковал Н. Бухарина и его сторонников, что сказалось на судьбе и дальнейшей работе в Коминтерне Рихарда Зорге. Ранее на совещаниях в ИККИ никогда не обсуждались внутрипартийные дела советских коммунистов. Сотрудники аппарата знали из сообщений прессы, в том числе иностранной, о борьбе между Сталиным и Троцким, но она никак не сказывалась на работе ИККИ и его органов.
В конце 1928-го — начале 1929 года Сталин добился снятия Н. Бухарина со всех постов за выступления против высоких темпов индустриализации в ущерб развитию сельского хозяйства и представители руководства ряда зарубежных компартий выступили в его поддержку. В этой связи нападкам стала подвергаться и деятельность Бухарина во главе Коминтерна. Начался поиск его сторонников среди работников аппарата ИККИ, сбор на них различных компрометирующих материалов.
В списки лиц, вызывающих недоверие, попал и Рихард Зорге. Ему в вину ставили излишнюю самостоятельность в суждениях, превышение полномочий при выполнении служебных заданий, а также связи с троцкистскими элементами во время нахождения в Компартии Германии. Однако для предъявления конкретных обвинений этого было недостаточно.
В марте и апреле 1929 года постоянная комиссия секретариата ИККИ дважды обсуждала вопрос о «товарище Зорге», определяя целесообразность его дальнейшей работы в Исполкоме Коминтерна. В августе, с учетом имевшейся на него негативной информации, секретариат решил исключить Зорге из списка работников Западноевропейского бюро и откомандировать его в распоряжение ЦК ВКП(б) и ЦК КП Германии. В то же время Рихард продолжал оставаться на должности референта в секретариате Д. Мануильского, который хорошо знал и ценил его. Окончательное решение о судьбе вызывавших недоверие сотрудников определялось в то время на партийных собраниях в ИККИ.
В октябре 1929 года Рихард Зорге успешно прошел так называемую «чистку» на очередном партсобрании. Выступая на нем, Рихард был вынужден признать некоторые свои «колебания» в отношении «правого уклона». Однако полностью отверг все обвинения в «неправильных» действиях в Компартии Германии, а также заявил о своей активной борьбе в «немецком клубе» против троцкистов. В итоге состоявшегося обсуждения большинство выступавших положительно оценили работу Зорге, и он был признан «заслуживающим доверия». Предложение о его исключении из партии было отклонено, что означало разрешение на продолжение работы в Советском Союзе.
Весь этот период, когда в инстанциях Исполкома Коминтерна решалась его судьба, был чрезвычайно трудным для Рихарда. Он не чувствовал за собой никакой вины, но понимал, что попал в обстоятельства, при которых его участие в мировом революционном движении может закончиться. Его оценка деятельности Коминтерна резко изменилась, он считал, что эта организация часто выдавала желаемое за действительное, преувеличивала значение и возможности многих национальных компартий. Неприятие Зорге вызывали и аппаратные интриги ряда сотрудников Коминтерна, и начавшаяся кампания политических «чисток». Он понимал, что прошло время свободных дискуссий, открытого высказывания своих взглядов и товарищеской критики.
Отлично разбираясь в международной обстановке, Рихард Зорге видел, что в коммунистическом движении наметился спад, поэтому Коминтерн стал терять свое прежнее значение. В то же время ведущие позиции среди мировых прогрессивных сил занимал Советский Союз, и будет более правильным оказывать помощь Советскому государству, что он, Рихард Зорге, сможет делать с учетом полученного им опыта, причем он мог собирать и анализировать информацию не только о положении компартий в отдельных зарубежных странах, но также политическую, экономическую и военную. Это даже больше отвечало его характеру и склонностям, желанию быть в центре событий и решать самые сложные задачи.