Вскоре Орлову пришлось решать судьбу Рихарда Зорге. В конце января 1939 года на его имя пришла телеграмма, в которой Рамзай писал: «Если события не получат угрожающего развития, то прошу вашего разрешения на возвращение домой не позднее мая… Я нахожусь в Японии около 6 лет, а это очень много…» Исполняющий обязанности начальника Разведывательного управления затребовал все материалы на резидента и прочитал справку, в которой говорилось о сомнении в политической надежности Рамзая. При этом приводились следующие аргументы: «1. Он раскрыт как резидент военной разведки после провала в Шанхае. 2. Он, возможно, двойник и работает на Германию. 3. На разведывательную работу в Японии направлен врагами народа — Берзиным и другими, сознавшимися в сотрудничестве с иностранными разведками и лицами». Одновременно отмечалось, что информация от резидентуры, как правило, документальная, телеграммы носят достоверный характер и получают высокую оценку. Каких- либо доказательств, подтверждающих обвинения в адрес Зорге, кроме показаний арестованных сотрудников Разведупра, в досье не имелось. К числу других претензий к Рамзаю относились его чрезмерное самолюбие и «большое самомнение». Комдив А. Орлов, имевший опыт зарубежной работы, в том числе в фашистской Германии, принял решение: Зорге продолжает работу в Японии, но все донесения, поступающие от него, в том числе фотокопии документов, переданные через курьеров, необходимо докладывать ему лично. Он хотел убедиться, что нелегальный резидент в Токио действительно добывает важную информацию.
Рихард вновь получил из Москвы указание оставаться в Японии. В нем также говорилось, что о замене будет сообщено дополнительно. Он воспринял это с большим сожалением, но приказ есть приказ, и деятельность резидентуры в прежнем составе не прекращалась.
Несмотря на уход Коноэ с поста премьера, Одзаки сохранил свои информационные возможности. Принц надеялся вернуться в правительство, а пока его вновь назначили на не менее важный пост главы Тайного совета Японии. Поэтому «Общество завтраков» продолжало свои встречи в доме секретаря министерства иностранных дел, где обсуждались все важные внутриполитические события. Все друзья Одзаки по-прежнему пользовались большим влиянием в правительственных кругах. При их содействии соратник Зорге был назначен советником в токийский отдел Южно-Маньчжурской железнодорожной компании, где имелась информация о всех передислокациях японских войск в Северо- Восточном Китае и наращивании потенциала предприятий военной промышленности, находившихся в этом районе. Расширил число своих источников и Мияги, добывавший важную военную информацию.
В то же время у самого Зорге впервые стали возникать трудности в его разведывательной работе в германском посольстве. Из Третьего рейха в дипломатическое представительство было направлено много новых сотрудников, которые заняли все свободные помещения, усилились внутренний контроль и режим безопасности. В этих условиях разведчик уже не мог свободно фотографировать секретные документы в посольстве, а выносить их из здания теперь было категорически запрещено. Сменились люди, которые хорошо знали и полностью доверяли Зорге. У посла Отта не было времени для продолжительных встреч со своим другом, он только изредка давал ему читать в своем кабинете посольские документы, но уже не разрешал брать их домой. Военный атташе майор Шолль делился только устной информацией и очень редко передавал Зорге свои служебные материалы. Другие сотрудники аппарата военного, военно-морского и военно-воздушного атташе относились к корреспонденту настороженно и действовали на основе строгих инструкций, запрещавших допускать посторонних к секретной информации.
Зорге очень переживал, но ничего не мог сделать, чтобы как-то исправить ситуацию. У него даже ухудшилось состояние здоровья, и в июне он был вынужден на несколько недель лечь в госпиталь для дополнительного курса лечения. Перед этим он направил с курьером письмо в Центр, в котором, в частности, отмечал:
«Дорогой директор!
К сожалению, в связи с моей болезнью последние дни я лично смогу вам доложить очень немногое и кратко… Необходимо вам сообщить о растущих трудностях продолжения работы для меня…
У меня такое впечатление, что лучший период моей работы здесь на месте уже прошел совсем или, по крайней мере, на долгое время…
Мы же постепенно становимся использованными, ненужными в отношении наблюдаемых учреждений и важных лиц.