Цезарь спешил начать Африканскую кампанию и провел минимум времени в Риме, прежде чем поспешно переправиться в Сицилию, а затем в Африку. В трудной кампании против армии Сципиона, усиленной войсками царя Юбы, нумидийская конница заставила войска Цезаря испытать неудачи, но в конце концов при Тапсе Цезарь торжествовал победу Его пращники и лучники целились прежде всего во вражеских слонов, вызывая панику среди животных, которые бросались бежать, давя собственные войска. Катон покончил жизнь самоубийством, то же сделал и Юба. Сципион бежал морем, но утонул, когда перевернулся его корабль. Афраний был схвачен и казнен. Однако Лабиен и два сына Помпея бежали в Испанию и продолжили борьбу.
Цезарь вернулся в Рим. В прошлом он достаточно долго был диктатором, чтобы участвовать в выборах на консульство, но теперь сенат проголосовал за его вступление в должность на десять лет. Он справил четыре триумфа по поводу своих побед над галлами, египтянами, Фарнаком и Юбой. Однако в ноябре 46 г. до н.э. он был вынужден оставить Испанию, чтобы сразиться в заключительной кампании гражданской войны.
Испанская кампания
В Испании Кассий проявил себя некомпетентным и безнравственным наместником, оттолкнув от себя и собственные войска, и местное население. К тому времени, как он был заменен Гаем Требонием, ситуация стала почти безнадежной, и новый наместник был изгнан мятежными солдатами. После прибытия старшего сына Помпея, Гнея, тот был быстро провозглашен командующим восставшими войсками. Вскоре к Гнею присоединились другие помпеянцы, включая его брата Секста и Лабиена. Была набрана огромная армия из 13 легионов и многочисленных вспомогательных войск, хотя качество многих новых подразделений было очень сомнительным.
По своему обыкновению Цезарь путешествовал быстро, преодолев 1500 миль до Кордубы за 27 дней, коротая время в поездке сочинением поэмы «Путешествие». У него было восемь легионов, старые солдаты из X легиона и 8000 всадников. Первые этапы военных действий включали несколько жестоких столкновений, но Гней Помпей неохотно шел на риск сражения. Это уже была самая жестокая кампания во всем конфликте.
В рядах сторонников Помпея распространилось дезертирство. Солдат, обвиненных в открытых заявлениях, что, как они считают, победит Цезарь, арестовывали и казнили или заключали под стражу. В середине марта Цезарь встретился с Гнеем Помпеем у Мунды. Битва была жестокой и решительной, но Цезарь одержал победу, несмотря на то что его армия сражалась на подъеме в гору. Мунда была блокирована, легионеры безжалостно водрузили несколько голов сторонников Помпея на пики, увенчавшие их бастион. Окончательное уничтожение противника заняло несколько месяцев. Цезарь выиграл гражданскую войну, но теперь оставалось увидеть, сможет ли он стать победителем в мирной ситуации. К сожалению, ему не дали много времени, чтобы узнать это.