Программа обучения разрабатывалась с учётом того, что работать предстояло в сельской местности. Выпускники Таскиги основали небольшие школы и училища по всему Югу. Помимо академических предметов Вашингтон обучал своих студентов практическим навыкам сельского хозяйства. Часть жалованья будущие учителя получали за работу на строительстве школ, выращивали урожай и скот, а также занимались ремёслами. Желание сохранить своё детище заставило Вашингтона пойти на компромисс, который не одобрили лидеры негритянской общины: 18 сентября 1895 года на выставке в Атланте он заявил, что чернокожее население не будет требовать для себя права голоса, восставать против сегрегации и дискриминации, если сможет получать базовое образование, не претендуя на его продолжение на гуманитарных отделениях высших учебных заведений. Вашингтон привлекал в Таскиги известных учёных, например ботаника Джорджа Вашингтона Карвера, и, ратуя за «реальное» образование, создал целую сеть из богатых филантропов, жертвовавших на училище: среди прочих туда входили Эндрю Карнеги, Джон Д. Рокфеллер и Генри Роджерс, который добрых 15 лет анонимно передавал деньги в Таскиги и нескольким десяткам других школ для чернокожих. После испано-американской войны в Таскиги хлынули негры с Кубы.
«Несколько лет вопрос об образовании цветных занимал наши умы и мысли. Мы должны приложить усилия, чтобы разработать некий план, который помог бы в решении этого важного вопроса», — сказал Рокфеллер-младший Огдену. Но далеко не все белые разделяли его воодушевление. Когда «поезд миллионеров» катил обратно в Нью-Йорк, в Виргинии по ступенькам вагона поднялся Генри Сент-Джордж Таккер, президент Университета Вашингтона и Ли, и произнёс речь: «Если вы намерены учить негров, то захватите заодно и белых южан. Если белый бедняк увидит, что сын его соседа-негра благодаря вашему великодушию получает выгоды, в которых отказано его сыну, у него возникнут такие чувства, которые сведут на нет всю вашу работу. Если хотите добиться успеха, дорогу наверх надо проложить не только неграм, но и белой бедноте». А когда Огден образовал Дирекцию южного образования, её исполнительный секретарь Эдгар Мёрфи заявил, что белая и чёрная расы должны селиться по отдельности, жить по отдельности и учиться по отдельности. Да что далеко ходить — даже Фредерик Гейтс забрал своих детей из государственной школы в Монклере, штат Нью-Джерси, потому что там учились «дурно воспитанные, грязные и неопрятные дети цветных и иностранцев». Он тоже считал, что негры не способны постичь латынь, греческий или метафизику, да им это и не нужно.
Тем временем Гейтс потихонечку дожал Рокфеллера и осуществил свой проект четырёхлетней давности: в июне 1901 года в Нью-Йорке был (очень скромно) основан Рокфеллеровский институт медицинских исследований (РИМИ), временно занявший производственное здание на Лексингтон-авеню. Никаких грандиозных планов, ожиданий и трат: Рокфеллер, вопреки обыкновению согласившийся дать институту своё имя, предоставил в его распоряжение 200 тысяч долларов, распределив их на десять лет, и больше ничего не обещал. Главное условие, которое он выставил, — чтобы на руководящие должности подобрали самых лучших специалистов. «Джон, у нас есть деньги, — сказал он сыну, — но они будут иметь ценность для человечества, только если мы сможем найти способных людей с идеями, воображением и смелостью, чтобы плодотворно их использовать».
Подобрать звёздную команду поручили доктору Уильяму Уэлчу — известному патологоанатому, первому декану медицинского училища Джонса Хопкинса. Лысый, упитанный Уэлч с козлиной бородкой, которого студенты прозвали «Куколкой», учился в Германии и перенёс в Америку немецкие стандарты, открыв в 1878 году первую патолого-анатомическую лабораторию в больнице Бельвью. 15 лет спустя он основал собственное медучилище, а своих студентов из учебного заведения Хопкинса отправлял стажироваться в Германию. Они-то, посвящавшие себя исключительно преподаванию и научным исследованиям, и составили костяк Рокфеллеровского института.