27 марта 1987 года Президиум Верховного Совета СССР заслушал отчет Генерального прокурора СССР А. М. Рекункова о ходе выполнения постановления Верховного Совета СССР от 3 июня 1985 года о деятельности Прокуратуры СССР по надзору за исполнением требований советских законов об укреплении правопорядка, охране прав и законных интересов граждан. Отметив, что органы прокуратуры стали решительнее выступать в защиту интересов государства, общества и граждан, больше опираться на трудовые коллективы в профилактике нарушений законности и правопорядка, Президиум Верховного Совета СССР обратил внимание на то, что "деятельность органов прокуратуры не отвечает современным требованиям, в их работе продолжают иметь место серьезные недостатки, на которые указывалось Верховным Советом СССР". В частности, отмечалось, что слабо используется сила закона в деле решительного укрепления плановой и договорной дисциплины, предотвращения выпуска недоброкачественной продукции, сбережения природных ресурсов, охраны труда, соблюдения жилищного законодательства. В принятом постановлении подчеркнуто, что прокурорам недостает принципиальности в борьбе с проявлениями местничества, ведомственности, с бюрократизмом и злоупотреблениями должностных лиц, не изжиты факты игнорирования требований закона при возбуждении уголовных дел, задержании и арестах граждан, необоснованного привлечения отдельных лиц к ответственности.
Это был серьезный сигнал для А. М. Рекункова. Некоторые средства массовой информации, пользуясь предоставленной свободой слова, бросились (зачастую необоснованно) очень резко и огульно чернить всю работу органов прокуратуры и ее сотрудников. А часть из них, с подачи недоброжелателей Рекункова, которые были и в высших эшелонах власти, и вовсе скатились до голословных обвинений Александра Михайловича в корыстных злоупотреблениях.
Рекунков очень переживал начавшуюся травлю, но продолжал работать. Он был крепким орешком, и выбить его из колеи просто так было невозможно.
Тем не менее, начавшийся артобстрел имел свое продолжение. Вскоре место первого заместителя Рекункова, вместо ушедшего в отставку Н. А. Баженова, занял А. Я. Сухарев. В центральном аппарате Генеральной прокуратуры СССР это назначение оценили однозначно — готовиться замена Генерального прокурора, а Александра Яковлевича Сухарева специально "подвели" под Рекункова, чтобы он сумел акклиматизироваться на новом месте, немного набраться опыта (ведь он до этого в органах прокуратуры никогда не работал). Это уже знал и сам Рекунков, который в последнее время довольно часто болел.
25—27 мая в Москве проходила девятая сессия Верховного Совета СССР одиннадцатого созыва. На одном из ее заседаний секретарь ЦК КПСС А. И. Лукьянов, по поручению ЦК КПСС и Президиума Верховного Совета СССР внес предложение поддержать просьбу Генерального прокурора СССР А. М. Рекункова об освобождении его от обязанностей Генерального прокурора СССР в связи с уходом на пенсию по состоянию здоровья. Соответствующее решение было принято. Генеральным прокурором СССР назначен А. Я. Сухарев.
Однако на этом череда неприятностей у Рекункова не закончилась. Слишком большую инерцию набрали дела, которые он сумел раскрутить, находясь в должности Генерального прокурора СССР.
Вскоре в уголовном деле, которое тогда расследовало управление Прокуратуры Союза ССР по расследованию дел особой важности, вдруг появились сведения о передаче крупной суммы денег А. М. Рекункову. Такие показания дал арестованный и содержащийся в "Матросской тишине" бывший первый секретарь ЦК компартии Узбекистана Усманходжаев, обвинявшийся в неоднократном получении взяток от различных лиц. Занимавший в те годы должность начальника управления по расследованию особо важных дел А. В. Сбоев, рассказывал: "Рекунков отрицал получение денег и страшно возмущался, как он говорил, "ого-вором". Генеральным прокурором к этому времени был назначен Александр Яковлевич Сухарев, который, посоветовавшись с коллегами, принял решение о проведении очной ставки между Рекунковым и Усманходжаевым. Это было не простое решение. Зная жесткий характер Рекункова, можно было ожидать, что он откажется от этого позорного для него следственного действия. Однако он, не задумываясь, мужественно согласился, заявив, что заинтересован в установлении истины и бояться ему нечего. Думаю, что на такой шаг пошел бы не каждый Генпрокурор, так как кроме голословного заявления Усманходжаева, следствие ничем не располагало. Практически предъявить обвинение в получении взятки А. М. Рекункову было невозможно, но грязное пятно на его честном имени могло пробыть долгое время.
Именно это обстоятельство привело к решению о проведении очной ставки. Выехали утром на одной автомашине "Волга" и около 10 утра подъехали к тюрьме. После доставки в кабинет Усманходжаева и выполнения всех формальностей, предусмотренных уголовно-процессуальным законом, заключенному Усманходжаеву было предложено дать показания на очной ставке по существу выдвинутых им обвинений Рекункова в получении взятки.