Вскоре после окончания процесса началась самая настоящая травля Кони. Через несколько дней после суда министр юстиции пригласил его к себе, говорил с ним раздраженно, упрекал в «вопиющем нарушении обязанностей», в «оправдательном резюме» и т. п. В заключение сказал: «Уполномочьте меня доложить государю, что вы считаете себя виновным в оправдании Засулич и, сознавая свою вину, просите об увольнении от должности председателя». Кони ответил, что он «не согласен ни на какие компромиссы».
Обстановка, сложившаяся после оправдания Засулич, обсуждалась в Комитете министров, проходившем под председательством императора Александра II. На нем граф Пален по существу отдал Кони «на растерзание без малейшей попытки сказать хоть слово в разъяснение роли председателя на суде присяжных». Он даже заявил, что «не отвечает за своих судей». Министр государственных имуществ П. А. Валуев также пытался доказать, что Кони — главный виновник оправдания Засулич. Единственным человеком, не разделявшим поспешных обвинений против Кони, был военный министр Д. А. Милютин.
Уволить Анатолия Федоровича, пользовавшегося правом несменяемости, не решились. Вскоре новым министром юстиции стал Д. Н. Набоков. В министерстве он сразу же попал в атмосферу, «полную мстительной неприязни» к Кони. Министр не смог сразу же понять своего талантливого сотрудника, поэтому отношения у него с Кони были вначале довольно натянутыми. Принимая Кони, Набоков сказал, что государь, хотя и не потребовал от него непременно отставки председателя Санкт-Петербургского окружного суда, но «вспоминал о деле с упреком». Относительно же резюме Кони перед уходом присяжных в совещательную комнату, Набоков заметил, что «председатель суда разжевал и положил в рот присяжным оправдание Засулич». Эти слова вызвали протест со стороны Кони, заявившего, что в необъективности его не обвинял даже граф Пален.
После столь резкого разговора, отношения Кони с министром стали «взаимно холодными». Министерство при случае всегда старалось дать понять «неугодность» Кони — представления председателя суда о наградах и пособиях свои подчиненным демонстративно «не уваживались», а его самого иногда назначали в такие комиссии, в которых, по словам Кони, «присутствие живого юриста звучало какою-то насмешкою над ним» и т. п.
Так продолжалось до тех пор, пока не произошло одно событие, заставившее Д. Н. Набокова изменить свое отношение к Кони.
В январе 1879 года под председательством Кони в Санкт-Петербургском окружном суде слушалось дело Юханцева о растрате двух с половиной миллионов рублей Общества взаимного кредита. Процесс был трудный и шел уже несколько дней. Набоков лично пришел в суд, чтобы послушать резюме председателя. 25 января, когда перед самым своим выступлением Кони шел в зал, судебный пристав подал ему записку, в которой сообщалось, что умирает его отец, долго и тяжело болевший. Отложить заседание Кони не мог. От волнения он даже изменился в лице. Это заметил Набоков, который спросил, что случилось. В ответ Анатолий Федорович молча подал ему записку и открыл заседание. Когда он закончил свое двухчасовое резюме и отпустил присяжных совещаться, Набоков был неузнаваем. Вот как описывает это событие сам Кони: «Он крепко сжал мою руку и сказал мне, что слышав в свое время резюме лучших председателей за границей, он не предполагал, что можно дойти до такого совершенства, которое я проявил, несмотря на тяжкие мысли, которые должны были меня осаждать, и что он считает своим долгом высказать мне свою радость, что имел случай лично меня узнать. И, действительно, с этих пор понемногу лед между нами растаял, хотя и были случаи довольно неприятных разговоров».
В октябре 1881 году, когда Кони находился за границей на лечении, он неожиданно получил телеграмму от министра юстиции Д. Н. Набокова с предложением занять пост председателя департамента столичной судебной палаты. Обоснованно полагая, что речь может вестись только об уголовном департаменте и не чувствуя никакого подвоха, он согласился. Однако когда он прибыл в Санкт-Петербург, то с удивлением узнал, что 21 октября состоялось его назначение в гражданский департамент. Кони был настолько обескуражен этим, что даже подумывал об отставке. Министру юстиции стоило больших трудов отговорить его от такого шага. Гражданскими делами Кони никогда раньше не занимался, поэтому, будучи исключительно добросовестным юристом, он почти сутками находился на работе, вникая во все тонкости договоров, обязательств, права наследования и собственности и т. п., и вскоре почувствовал себя вполне теоретически подготовленным к гражданскому судопроизводству.