Император поблагодарил Анатолия Федоровича за проведенную работу и интересный доклад и пожелал успехов в завершении дела.
Н. А. Манасеин был очень доволен тем, как прошел доклад. Он сказал Кони: «Я наблюдал, как он вас слушал; можно ручаться, что он не позабудет ни одного слова, и я думаю, что вас лично можно поздравить с забвением всего того, что так вас долго и несправедливо удручало».
Вернувшись в Харьков, Кони с участием следователя Марки и прокурора Дублянского предъявил обвинение некоторым должностным лицам дороги, а затем, в начале 1889 года выехал в Петербург.
Вопрос о привлечении к ответственности высших должностных лиц империи, в том числе министра путей сообщений, должен был решаться в Государственном совете. Особому совещанию, на котором дело докладывал А. Ф. Кони, предстояло решить вопрос, есть ли основания для передачи дела в департамент гражданских и духовных дел. За привлечение к ответственности высказались семь человек, против — четверо. Результат рассмотрения дела в департаменте, по выражению Кони, был «поистине возмутителен». Все виновные отделались выговором даже без «внесения его в формуляр». Кони писал, что он был «возмущен до боли», а Манасеин — «подавлен и сконфужен». Когда министр юстиции доложил императору о результатах обсуждения дела в департаменте Государственного совета, тот проговорил: «Как? Выговор и только? И это все? Удивляюсь!.. Но пусть будет так. Ну, а что же с остальными?».
Манасеин пояснил, что они будут преданы суду Харьковской судебной палаты. «И будут осуждены?» — спросил император. «Несомненно», — ответил министр. Государь нашел это «неудобным и несправедливым» и сказал, что хочет помиловать всех. Дело было прекращено.
В 1894 году Кони выезжал в Одессу, где руководил следствием по делу о гибели парохода «Владимир», столкнувшегося в ночь на 27 июня недалеко от мыса Тарханкут с итальянским пароходом «Колумбия». В результате катастрофы погибли 76 человек. Суду были преданы капитаны судов: российского К. К. Криун и итальянского — Л. Пеше. Оба признаны виновными в столкновении и осуждены к тюремному заключению на четыре месяца.
В 1895 году кресло министра юстиции занял набиравший силу честолюбивый прокурор Н. В. Муравьев. Свою деятельность он начал с грандиозного пересмотра Судебных уставов 1864 года. Анатолий Федорович, как один из самых опытнейших юристов своего времени, также был привлечен к работе комиссии. Здесь он отчаянно бился со всеми попытками Муравьева покуситься на основные принципы судоустройства и судопроизводства, отстаивал суд присяжных, несменяемость судей и т. п. На этой почве между ним и министром сложились неприязненные отношения. В конце декабря 1896 года Кони вынужден был подать рапорт об увольнении с должности обер-прокурора уголовного кассационного департамента Сената. Просьбу немедленно удовлетворили, а самому Кони велено было присутствовать в том же департаменте сенатором.
В 1900 году Анатолий Федорович окончательно распрощался с судебной деятельностью. Указом императора его перевели в общее собрание первого департамента Сената. Тогда же он снова занялся педагогической деятельностью, заняв кафедру уголовного судопроизводства в Императорском Александровском лицее (до него кафедрой руководил профессор И. Я. Фойницкий).
Летом 1906 года П. А. Столыпин, ставший председателем Совета министров, задумал создать так называемый «кабинет общественных деятелей». Он предложил Анатолию Федоровичу войти в состав его правительства в качестве министра юстиции и генерал-прокурора. Вначале такое предложение поступило к Кони через П. А. Гейдена, а затем и лично от самого Столыпина. Вездесущие журналисты даже поспешили опубликовать в «Биржевых ведомостях» крупными буквами заголовок: «А. Ф. Кони — министр юстиции». Однако Анатолий Федорович, после тщательного обдумывания ситуации, категорически отказался стать министром юстиции.
Впоследствии он так писал об этом: «Судьба продолжала свою злую иронию надо мною, посылая мне слишком поздно все то, о чем я имел право мечтать как человек и гражданин. Она оставила меня почти бесплодным „протестантом“ в течение многих лет против безумной политики правительства, тащившей Россию насильственно к революции; она дала возможность презренным слугам этого правительства, вроде Плеве и Муравьева, обречь меня на бесцветную деятельность, поглотившую мою силу и разбившую во мне энергию и душевный подъем. И теперь, когда я стар, когда у меня больное сердце, когда каждый спор, каждая публичная лекция, каждое сильное впечатление лишают меня сна, вызывают сердечные припадки, сопровождаемые крайним упадком сил, она посылает мне самый боевой пост в борьбе с революцией и реакцией, для которого нужно железное здоровье, стальные нервы, воля, не считающаяся с голосом сердца, и разум, прямолинейно смотрящий вперед и неспособный поддаваться в своем мышлении влиянию образов…»