В январе 1907 года Кони становится членом Государственного совета. В этой должности он пребывал до мая 1917 года. В 1910 году ему был присвоен чин действительного тайного советника. Он был удостоен еще нескольких высоких российских орденов, включая орден Святого Александра Невского (1915 год).
Одновременно с ответственной служебной и преподавательской работой, Анатолий Федорович Кони много и плодотворно трудится на научно-публицистической и литературной ниве. Он выступал в печати с многочисленными статьями и судебными очерками, читал публичные лекции, которые неизменно собирали большую аудиторию. Круг его интересов был очень обширен, а тематика лекций, докладов, статей весьма разнообразна. У него были глубокие познания не только в юриспруденции, но и в вопросах литературы, искусства, медицины. Он читал лекции и писал статьи о писателях и поэтах: И. А. Гончарове, А. А. Апухтине, Ф. М. Достоевском, К. К. Павловой, И. С. Тургеневе, А. Ф. Писемском, А. Н. Островском, Л. Н. Толстом, В. Г. Короленко, артистах: М. Г. Савиной и И. Ф. Горбунове, судебных деятелях: Д. Н. Замятнине, Д. А. Ровинском, И. С. Зарудном, Н. А. Буцковском, Д. Н. Набокове, Г. Н. Мотовилове, В. Д. Спасовиче, А. М. Бобрищев-Пушкине и еще многих других знаменитых современниках. Он заново открыл обществу полузабытого «неисправимого филантропа» доктора Федора Петровича Гааза, главного врача московских тюрем, который всеми силами стремился улучшить жизнь и быт заключенных, за что его прозвали «святым доктором». О нем он сделал блестящий доклад на годовом собрании юридического общества, а затем опубликовал биографический очерк отдельным изданием (1897 год), который до революции выдержал пять изданий.
В 1888 году Кони выпустил книгу — «Судебные речи (1868–1888)», выдержавшую несколько изданий. В 1896 году вышел другой труд Кони — «За последние годы. Судебные речи (1888–1896)». В 1906 году Кони собрал под одной обложкой свои публичные лекции, речи, статьи, заметки по несудебным вопросам, которые составили книгу «Очерки и воспоминания». В 1912–1913 годах вышли первые два тома его новой книги «На жизненном пути». Два последующих тома были выпущены в свет в 1922–1923 годах в Ревеле и Берлине, а 5 том — в 1929 году в Ленинграде. К 50-летию Судебных уставов им было подготовлено фундаментальное издание: «Отцы и дети судебной реформы»(1914 год).
В апреле 1890 года Советом Харьковского университета А. Ф. Кони присвоена степень доктора уголовного права (по совокупности работ). В январе 1900 года его избрали почетным академиком Академии наук по разряду изящной словесности.
В 1901 году Академия наук наградила его Пушкинской Золотой медалью за критических разбор сочинения Н. Д. Телешова «Повести и рассказы», а затем еще трижды удостаивала его золотых медалей (в 1907, 1909 и 1911 годах) за рецензирование и разбор художественных произведений и активное участие в рассмотрении сочинений, присланных на конкурс.
Анатолий Федорович был избран почетным членом многих юридических, филологических, медицинских, психиатрических и иных обществ. В его архиве, переданном им Пушкинскому дому в 1920 году, хранится 148 документов, удостоверяющих избрание его в различные общества.
А. Ф. Кони знали и ценили многие выдающиеся деятели литературы и искусства, ученые и политические деятели. О многих из них, в частности, о Л. Н. Толстом, А. П. Чехове, П. Д. Боборыкине, А. Ф. Писемском, он оставил интересные воспоминания. Но в круг его друзей входили не только знаменитости. Он общался и поддерживал дружеские связи со многими людьми, представителями всех слоев населения. К нему тянулись разные лица за советом, поддержкой, помощью. В его архиве насчитывается более тысячи визитных карточек лиц, приходивших к нему. Здесь и писатели, и артисты, и чиновники, и общественные деятели.
30 мая 1917 года Анатолий Федорович по указу Временного правительства был назначен первоприсутствующим (председателем) в общем собрании кассационных департаментов Правительствующего сената, где оставался до 25 декабря того же года, (до упразднения этого органа).
Когда постановлением Временного правительства была образована Комиссия по восстановлению основных положений Судебной реформы 1864 года и согласованию их с происшедшей переменой в государственном устройстве, А. Ф. Кони также вошел в ее состав, в числе 60 лучших юристов и общественных деятелей России. Он возглавил одну из трех подкомиссий — по уголовному судопроизводству. На первом же заседании Комиссии, происшедшей 13 апреля 1917 года под председательством министра юстиции А. Ф. Керенского, Анатолий Федорович выступил с сообщением, в котором воспроизвел «полную картину падения судебных уставов».
В январе 1918 года Кони был избран профессором по кафедре уголовного судопроизводства в Первом Петроградском университете. Он преподавал также и в некоторых других высших учебных заведениях. Продолжал Анатолий Федорович и свою активную лекционную работу. За годы Советской власти им было прочитано почти тысяча лекций.