Вот выдержки из некоторых следственных документов: "На основании изложенных данных Владимир Ульянов (Ленин), Овсей Герш Аронов Апфельбаум (Зиновьев), Александра Михайловна Коллонтай, Мечислав Юльевич Козловский, Евгения Маврикиевна Суменсон, Гельфанд (Парвус), Яков Фюрстенберг (Куба Ганецкий), мичман Ильин (Раскольников), прапорщик Семашко и Рошаль обвиняются в том, что в 1917 году, являясь русскими гражданами, по предварительному между собой Уговору, в целях способствования находящимся в войне с
Россией государствам во враждебных против нее действиях, вошли с агентами названных государств в соглашение содействовать дезорганизации русской армии и тыла для ослабления боевой способности армии, для чего на полученные от этих государств денежные средства организовали пропаганду среди населения и войск с призывом к немедленному отказу от военных против неприятеля действий, а также в тех же целях в период времени с 3 по 5 июля организовали в Петрограде вооруженное восстание против существующей в государстве верховной власти, сопровождавшееся целым рядом убийств и насилий и попытками к аресту некоторых членов Правительства, последствием каковых действий явился отказ некоторых частей от исполнения приказаний командного состава и самовольное оставление позиций, чем способствовали успеху неприятельских армий".
Предполагалось, что агент-пропагандист Ульянов (Ленин) давно был привлечен к сотрудничеству немецко-австрийской властью в борьбе с Россией. Через три месяца после начала войны возникла его связь с австрийским штабом, и он, будучи задержан как русский гражданин, получил не только свободу, но и покровительство и в этом же году уехал в Швейцарию. Именно этим периодом деятельности Ленина занимался следователь Александров, Сведений об этом процессе сохранилось мало, однако Керенский позже свидетельствовал: "Как лицо, которому принадлежала в те дни власть в самом широком ее масштабе и применении, я скажу, что роль немцев не была так проста, как она казалась, может быть, даже судебному следователю Александрову, производившему предварительное следствие о событиях в июле месяце 1917 года. Они работали одновременно и на фронте, и в тылу, координируя свои действия. Обратите внимание: на фронте — наступление, в тылу — восстание. Я сам был тогда на фронте, был в этом наступлении. Вот что тогда было обнаружено. В Вильне немецкий штаб издавал тогда для наших солдат большевистские газеты на русском языке и распространял их по фронту. Во время наступления, приблизительно 2–4 июля, в газете "Товарищ", издаваемой в Вильне немцами и вышедшей приблизительно в конце июня, сообщалось как о уже случившемся факте о первом выступлении Ленина в Петрограде, которое случилось позднее. Так немцы в согласии с большевиками и через них воевали с Россией…"
Главным свидетелем обвинения считался некий прапорщик 16-го сибирского стрелкового полка Д. С. Ермоленко, попавший в плен и переброшенный немцами в апреле 1917 года в тыл 4-й армии, где он и был задержан. По его словам, он был завербован немцами и переброшен в Россию для проведения агитации с целью смены Временного правительства, отделения Украины от России и наискорейшего заключения мира с Германией. Ермоленко под присягой и в присутствии прокурора дал показания о передаче немцами денег большевикам и лично В. И. Ленину.
Обвинительный материал пополнялся также за счет показаний Алексинского, Мартова, начальника контрразведки штаба Медведева, бывших директора департамента полиции Белецкого и главнокомандующего русской армией Алексеева, а также некоторых других лиц, враждебно настроенных к большевикам. Но вскоре выяснилось, что их показания не подтверждаются другими объективными доказательствами. "Взвешивая и анализируя добытые мною и моими товарищами данные, — говорил позднее П. А. Александров, — я начал приходить к выводу, что вообще следствие не подтверждает указаний актов дознания, что, следовательно, указания эти ложны и что поэтому виновность лиц, привлеченных по делу, не установлена. Особенно некоторые части обвинения, выдвинутые дознанием, нам удалось определенно и категорично опровергнуть следствием".
Однако из Министерства юстиции продолжали усиленно давить на следователей, требуя скорейшего ареста В. И. Ленина, который был "центральной и крупной фигурой следствия". П. А. Александров считал, что результаты следствия не дают оснований для ареста вождя большевиков, и поэтому отказался пойти на этот шаг. Тогда Керенский лично дал указание о допросе Ленина. Александров вынужден был выдать полиции предписание о приводе Ленина для допроса, твердо решив не арестовывать его, о чем поставил в известность прокурора судебной палаты. Однако постановление следователя выполнено не было.