После этого император рассматривал генерала Сухомлинова как одного из основных кандидатов на высшие военные посты и регулярно интересовался его мнением по вопросам военного строительства. Осенью 1904 г. В. А. Сухомлинов докладывал Николаю II в Царском Селе о состоянии западных военных округов, а в начале 1905 г. государь передал ему для оценки поданный великим князем Николаем Николаевичем проект реорганизации военного ведомства.
Суть его состояла в том, что роль военного министра резко умалялась. Из военного министерства выделялось независимое от него Главное управление Генерального штаба, начальник которого напрямую подчинялся царю. Право личного доклада императору получали и инспектора отдельных родов оружия. Военный министр вместе с ними становился рядовым членом Совета государственной обороны.
Сухомлинов раскритиковал проект великого князя, чем нажил в его лице открытого и непримиримого врага. Владимир Александрович считал, что отсутствие одного ответственного за военную сферу приведет к анархии в управлении ей. А сам царь при изобилии личных докладов глав соперничающих ведомств утонет в пучине разноречивых мнений, в каждое из которых ему придется глубоко вникать [172, с. 136]. Однако в условиях, когда русская армия терпела поражение в войне с Японией, для поиска выхода из сложившейся кризисной ситуации учет разных суждений мог быть полезен Николаю II. К тому же великий князь Николай Николаевич в это время являлся одним из самых близких к императорской чете людей. Поэтому царь, несмотря на критику Сухомлинова, принял проект Николая Николаевича и доверил тому возглавить Совет государственной обороны. Начальником Генерального штаба стал сподвижник великого князя и фактический автор проекта генерал Ф. Ф. Палицын. Военным министром был назначен лишённый чрезмерных амбиций генерал А. Ф. Редигер.
В результате этих преобразований по оценке Е. В. Бея «создалось многовластие, еще более дезорганизовавшее и без того расстроенную войной армию» [17, с. 111]. Между тем в 1908 г. в Европе запахло порохом. То и дело возникали внешние осложнения, требовавшие принятия быстрых решений. Произошедшая в июле 1908 г. революция в Турции могла резко изменить обстановку на Балканах и поставить на повестку дня вопрос о судьбе жизненно важных для России черноморских проливов. Возникла срочная необходимость восстановить единовластие в управлении вооруженными силами.
К тому же у Николая II к указанному времени ухудшились отношения с великим князем Николаем Николаевичем, а того подвергла нападкам Государственная дума. Причем великий князь поставил вопрос так: либо парламент будет за это распущен, или он оставляет свой пост. В этой ситуации 26 июля 1908 г. император предпочёл освободить великого князя от должности председателя Совета государственной обороны. Тем самым предрешался уход со своего поста начальника Генерального штаба Ф. Ф. Палицына, ближайшего сподвижника великого князя и идеолога децентрализации управления армией.
Военный министр Редигер начал искать преемника Палицыну и остановился при этом на Сухомлинове. Свой выбор он подробно обосновал в мемуарах, охарактеризовав Владимира Александровича как человека, который отлично знает штабную работу, «быстро схватывает всякий вопрос и разрешает его просто и ясно» [145, с. 230].
Правда, переход на новую должность для Сухомлинова был невыгоден по деньгам – будучи начальником округа и генерал-губернатором, Владимир Александрович получал много больше. От одного их общего знакомого, писавшего на военные темы публициста и издателя В. А. Березовского, министр знал, что Сухомлинов «вследствие амурных историй хочет покинуть Киев и, может быть будет даже рад получить место Палицына». Редигер попросил Березовского прозондировать Сухомлинова в этом отношении, но в августе 1908 г. Владимир Александрович не дал ему решительного ответа [145, с. 229].
Наилучшим вариантом для Сухомлинова было остаться в Киеве (где у него имелись хороший дом и высокое жалование), соединившись узами законного брака с любимой женщиной. Для этого необходимо было добиться развода Екатерины Викторовны с её упрямым супругом. Надежда на такой исход в августе 1908 г. у Сухомлинова ещё оставалась. Он, конечно, знал, что его возлюбленная направила императору прошение о содействии в расторжении брака, а монарх через главноуправляющего своей канцелярией барона Будберга переслал эту бумагу обер-прокурору Синода П. П. Извольскому. Между тем тому в августе 1908 г. по делам случилось приехать в Киев. Сухомлинов обратил внимание Извольского на дело Бутовичей, а 9 сентября 1908 г. направил обер-прокурору пояснительное письмо, в котором просил его о помощи.
Черновик письма был написан на бланке комиссионной конторы Альтшиллера [99, с. 448]. Тот по-прежнему являлся главным советником Сухомлинова и его любовницы по бракоразводным делам. Скорее всего, и сама идея послать письмо обер-прокурору принадлежала Альтшиллеру.