По иронии судьбы поссорился Сухомлинов с министром финансов тоже из-за Владивостока. (По крайней мере, это следует из воспоминаний Коковцова). Началось всё с того, что весной 1909 г. Приамурский генерал-губернатор П. Ф. Унтербергер, которого, как мы помним, в феврале с думской трибуны за «неудовлетворительность» командования критиковал Гучков, начал проявлять повышенную активность. Старый заслуженный генерал, отдавший лучшие годы жизни освоению Дальнего Востока был обижен нападками с думской трибуны. Желаю показать свою бдительность он стал одна за другой слать телеграммы Столыпину, Сухомлинову и министру иностранных дел Извольскому о том, что Владивостокская крепость находится в плачевном состоянии и беззащитна перед замышляемым Японией новым нападением. Обеспокоенный Столыпин вызвал Извольского и Коковцова к себе. Извольский со своей «дипломатической колокольни» объяснил премьеру, что с Японией установились дружеские отношения, и никаких оснований для тревоги нет. Коковцова такая трактовка событий с ведомственной точки зрения совершенно устраивала, поскольку позволяла избежать чрезвычайных расходов. Сухомлинов же, который по должности отвечал за состояние крепостей, не поставив в известность Коковцова и Столыпина, составил доклад на царское имя. Там военный министр, изложив содержание многочисленных депеш Унтербергера, написал, что разделяет его тревогу за оборону дальневосточных рубежей. А в заключении счёл «своим верноподданническим долгом высказать, с полной откровенностью», что всё это происходит исключительно от того, что он, Сухомлинов, не может добиться получения согласия министра финансов «на отпуск самых необходимых средств для улучшения оборонительных сооружений Владивостока» [79, с. 361–362].
Естественно для обидчивого Коковцова подобное развитие событий оказалось крайне неприятно, и он буквально возненавидел Сухомлинова. Сначала министр финансов критиковал своего оппонента за глаза – в разговорах с Поливановым и Столыпиным. А 9 июня 1909 г. В. Н. Коковцов на заседании совета министров пошёл уже на открытый конфликт, резко заявив, что для военного министра «закон не писан» [117, с. 75]. Скоро стычки между ними стали постоянными. А. А. Поливанов в своем дневнике 15 января 1910 г. записал: «опять произошло столкновение между военным министром и В. Н. Коковцевым, по поводу которого В. А. Сухомлинов писал полуофициальное письмо П. А. Столыпину, высказав, “что он с тяжелым чувством оставил заседание Совета министров и затрудняется бывать в нём лично, коль скоро министр финансов позволяет себе резкие выходки против военного министра”» [117, с. 92].
Столыпин в этом противостоянии предпочёл поддержать Коковцова, поскольку Сухомлинова сразу невзлюбил. Ведь назначение нового военного министра, как отмечала осведомленная газета «Русские ведомости», стало косвенным ударом по самому Петру Аркадьевичу. (Как стало известно газете, речь в Государственной думе, за которую царь уволил Редигера, «была произнесена не без ведома и согласия премьера» [152, 1909, 12 марта]).
Дальше напряжение между Столыпиным и Сухомлиновым только нарастало. Председатель совета министров хотел, чтобы главы всех ведомств любые спорные вопросы согласовывали с ним, не ища поддержки у императора. Но Сухомлинов иногда действовал в обход премьера. Это раздражало Столыпина, который, случалось «очень возбужденно говорил военному министру, что нельзя ему вести особую от Совета Министров политику» [117, с. 100].
Столыпин сам имел доверительные личные отношения с Николаем II. Но они не были такими тёплыми как у Сухомлинова. Князь М. М. Андроников, хорошо знавший генерала, после Февральской революции говорил, что тот «сумел влезть в душу бывшего императора, как ни один министр!» [102, с. 375].
Все прочие главы ведомств, включая Столыпина, стремились убедить монарха в необходимости той или иной государственной меры. И лишь Сухомлинов ничего не навязывал императору, а, уразумев его взгляды на необходимое направление развития вооруженных сил, следовал в русле, заданном царской волей.
Николай II мечтал восстановить флот, погибший во время Русско-Японской войны. На это должны были идти основные бюджетные траты – в ущерб росту ассигнований на сухопутные войска. Сухопутные силы, конечно, тоже должны были модернизироваться, но без наложения излишних тягот на народ – ведь царь надеялся, что ему удастся уберечь Россию от столкновения с Германией. «Войны я не хочу, и, можете быть покойны, её не будет», – сказал царь Сухомлинову, сообщая о своём решении поддержать «Программу развития морских вооруженных сил на 1909—1919 гг.», предусматривавшую огромные вложения в строительство мощных океанских кораблей – дредноутов [172, с. 183].