Гучков надеялся, что Сухомлинов, подобно своему предшественнику Редигеру, будет взаимодействовать с Государственной думой и с её комиссией государственной обороны. Однако новый министр к этому был не расположен. Он был против активного вмешательства депутатов в дела его ведомства. 16 апреля 1909 г. Поливанов записал в своём дневнике: «Сухомлинов, вообще, имеет в виду пригласить к себе Гучкова, Крупенского и сказать им, чтобы в Думе поменьше говорили о военных недостатках, так как иначе иностранцы получают много ценных сведений из думских дебатов» [117, с. 67–68]. Опасения Сухомлинова имели свои основания. В. Н. Коковцов ещё в 1907 г. жаловался П. А. Столыпину, что депутаты оппозиционных фракций, присутствовавшие на закрытых заседаниях Государственной думы, сразу же передавали не подлежащую огласке информацию корреспондентам российских и иностранных газет [187, с. 94].
Настороженное отношение В. А. Сухомлинова к думской комиссии государственной обороны имело ещё один аспект. Согласно статье 96 Основных законов Российской империи вопросы государственной обороны находились в ведении императора. Обсуждению Государственной думы подлежали лишь дополнительное финансирование Военного и Морского ведомств и определение величины контингента новобранцев. Таким образом, самим своим названием думская комиссия государственной обороны явно вторгалась в сферу прерогатив царской власти. Николай II уже в 1907 – 1908 гг. выражал недовольство её наименованием. Но думские политики не пошли навстречу монарху. Налицо была борьба Государственной думы с верховной властью за контроль над оборонной сферой [27, с. 124–125].
Сухомлинов в этом конфликте сразу принял сторону императора, который перед рассмотрением в парламенте интендантской сметы (апрель 1909 г.) недвусмысленно объяснил новому министру, что тому не нужно выступать в Государственной думе. За него это должен был делать его помощник – Поливанов. Но и тому не следовало вступать в полемику с парламентариями, поскольку это бы означало признание их права на обсуждение военных вопросов.
Перед рассмотрением в Государственной думе вопроса о контингенте новобранцев царь повторил свой запрет на выступление перед депутатами, пояснив: «что Вам с ними спорить – Вы мой министр» [117, с. 67]. Иными словами глава военного ведомства должен был ориентироваться только на царскую волю, не стремясь убедить в своей правоте депутатов. Что касается Думы, то свое отношение к ней монарх обозначил предельно откровенно, сказав Сухомлинову: «Я создал Думу не для того, чтобы она мне указывала, а для того, чтобы советовала» [117, с. 169].
Причём эти советы были уместны только тогда, когда царь за ними обращался. В противном случае император оставлял решение за собой. Министр же должен был проводить его в жизнь, беря ответственность за него на себя, даже если оно было непопулярным и вызывало критику депутатов и прессы. Именно так поступил Сухомлинов в вопросе об упразднении крепостей в Царстве Польском.
Это политически обусловленное решение было принято царем ещё 15 февраля 1909 года [190, с. 137]. Но в обществе оно стало известно только в апреле и его восприняли как личную инициативу нового военного министра. Пресса, взвинченная Боснийским кризисом, встретила известия о ликвидации крепостей с большой тревогой, посчитав, что осуществление намерений Сухомлинова приведёт к ослаблению России.
«Речь» поместила едкий стихотворный фельетон, суть которого заключалась в том, что реакционное российское правительство видит в консервативной Германии друга и поэтому логика властей такова:
Недовольна была не только оппозиционная пресса. В дневнике А. А. Поливанова, помощника (заместителя) военного министра в апреле – мае 1909 г. имеется целый ряд записей, отражающих беспокойство упразднением крепостей со стороны военных, политиков, общественных деятелей и самого автора.
Поливанов счёл ликвидацию крепостей «безумием» и предупредил о ней Коковцова. Тот прекрасно понимая, с какой тревогой воспримут эту информацию в Париже, и как плохо это отразится на русско-французских финансовых отношениях, позвонил Столыпину, предлагая немедленно встретиться. Премьер полностью встал на сторону министра финансов и попытался убедить Сухомлинова и царя в опасности одобренной ими меры [79, с. 421].